. 11 августа 1941 года приказом НКВД № 001151 оперативные группы были преобразованы в 4-е отделы НКВД, на которые в том числе возлагалось общее руководство деятельностью изучаемых подразделений^>42. В июне 1942 года приказом № 001124 из состава 4-х отделов были выведены штабы отделов истребительных батальонов, составив отдельную структуру внутри органов госбезопасности^>43. При этом и оперативные группы, и 4-е отделы, и региональные штабы подчинялись Центральному штабу истребительных батальонов. Оперативность создания подразделений говорит о большом внимании, которое советское руководство уделяло контролю над тылом и противостоянию десантам и диверсантам противника.

О борьбе с «дезорганизаторами тыла, дезертирами, паникерами» говорил в своем выступлении по радио от 3 июля 1941 года И.В. Сталин^>44. Он призвал оказывать всестороннюю помощь истребительным батальонам. В известной директиве СНК и ЦК ВКП (б) от 29 июня 1941 года в адрес партийных и советских организаций последним также предписывалось оказывать всяческую поддержку истребительным батальонам в деле уничтожения шпионов, диверсантов, дезертиров^>45. Очевидно, вопросы стабильности тыла в начальный (крайне неудачный для СССР) период войны являлись очень важными для советского руководства, а посредством оперативно создаваемых истребительных частей планировалось создать дополнительный инструмент для контроля над обстановкой.

Для общей координации работы данных подразделений в структуре НКВД согласно приказу № 00804 создавался Центральный штаб истребительных батальонов, возглавляемый комиссаром государственной безопасности 3-го ранга Г.А. Петровым – участником массовых репрессий конца 1930-х годов, до войны занимавшим должность начальника 1-го главного управления пограничных войск НКВД^>46. В его штат зачислялись в основном офицеры-пограничники. Численность сотрудников обозначенной структуры варьировалась от 5–6 (август 1941 – вторая половина 1942 года) до 15 человек в 1943 году. Областные, краевые и республиканские оперативные группы (позднее переформированные в штабы) при штатной численности от 12 (Московская область) до 2 (Сахалинская область) человек в среднем состояли из 5—10 офицеров НКВД^>47.

Чаще всего в штабах (оперативных группах) имелось два отделения: службы и подготовки, а также политическое^>48. Сотрудники первого занимались организацией службы и обучения личного состава, взаимодействием с РККА и другими структурами. Второе следило за политико-моральным состоянием военнослужащих, вело агитационно-пропагандистскую работу. Инструктора штаба (обычно 2–3 человека) использовались для проведения периодических проверок, выезжали в части для помощи командирам, вели систематизацию учетных документов, касающихся вооружения, снаряжения и имущества батальонов. Зарплату сотрудники получали согласно особым тарифам, остальными видами довольствия они обеспечивались на общих с органами НКВД основаниях^>49. В 1942 году штаты штабов были расширены специальным приказом НКВД № 965^>50, а в июне 1943 года приказом № 00966 вводилось в действие «Положение о штабах истребительных батальонов», конкретизирующее их функции и структуру^>51.

Согласно информации, содержащейся в «базовом» постановлении СНК от 24 июня, каждый истребительный батальон должен был состоять из 100–200 человек (то есть исходя из штатной численности армейских подразделений это должны были быть скорее усиленные стрелковые роты). Согласно штатному расписанию, в каждом батальоне имелось по три роты, каждая из которых была разделена на два стрелковых и пулеметный взводы. В каждом стрелковом взводе имелось по три отделения, в пулеметном взводе отделения было два. Штабу батальона также подчинялся разведывательный взвод двухотделенного состава, хозяйственный взвод, транспортное отделение, санитарная и химическая службы в составе фельдшера, санитаров и инструктора химической службы