И в начале ноября 1994 года Президент России снял бывшего командующего ЗГВ генерала Матвея Бурлакова с поста заместителя министра обороны (всего через 2 месяца после назначения), чем поставил защищавшего Бурлакова Ильюшенко в сложное положение, и после этого начался процесс завершения его карьеры. В октябре 1995 года журналисты НТВ выяснили интересные подробности трудоустройства родственников Ильюшенко. «В частности, его супруга занимала важный пост в компании «Балкар-Трейдинг», которая не только была крупным автомобильным дилером, но и очень нечисто приторговывала нефтью» (абзац из статьи газеты «Век», 1998 г.).

15 февраля 1996 года Ильюшенко был задержан, освобожден от должности и. о. Генерального прокурора и помещен в СИЗО «Лефортово» по уголовному делу, возбужденному против фирмы «Балкар-Трейдинг» (сделка по продаже за рубеж 25 млн тонн российской нефти на сумму 2,7 млрд рублей). Генпрокуратура инкриминировала Ильюшенко получение взятки и злоупотребление служебными полномочиями.

В конце октября, после длительных согласований с юристами нашего управления и заместителями начальника Контрольного управления, доклад Президенту России был готов и 31 октября подписан В. Я. Зайцевым. К докладу был приложен перечень основных вопросов и предлагаемый график проверки министерств и ведомств с учетом их уровня исполнительской дисциплины по материалам Контрольного управления. В доклад мне даже удалось вставить упоминание моего отдела как исполнителя проверок. Это было, конечно, не совсем корректно, но руководство управления почему-то это оставило в тексте. Вот полный текст письма-доклада:

«Президенту Российской Федерации Б. Н. ЕЛЬЦИНУ

Уважаемый Борис Николаевич!

Информирую о результатах рассмотрения в Контрольном управлении Президента Российской Федерации предложений руководителей республик Российской Федерации, сформулированных на встрече с Вами 14 июля 1994 года по проблеме бюрократизации повседневной деятельности министерств и ведомств (поручение от 25.07.94 г. № Пр-1011).

Контрольное управление считает, что отсутствие постоянного контроля, а также гласности в деятельности министерств и ведомств Российской Федерации снижает эффективность их работы, приводит к бюрократизации аппарата, а недостаток инициативы или даже бездействие в создании механизма реализации и практического претворения в жизнь президентских указов дискредитируют институт президентства в России. Требует экспертной оценки на основе конечных результатов работы и оптимальность существующей структуры федеральных органов государственного управления, в том числе дублирование при выполнении некоторыми министерствами и ведомствами возложенных на них функций, избыточность представительств федеральных структур в субъектах Российской Федерации, а также численность аппаратов министерств и ведомств.

Руководствуясь Положением о Контрольном управлении Президента Российской Федерации, утвержденным Указом Президента Российской Федерации от 25.05.94 г. № 1015, предлагается поручить Контрольному управлению обеспечить комплексные, а при необходимости и целевые проверки деятельности министерств и ведомств по перспективному плану. План проверки на первую половину 1995 года, составленный с учетом уровня исполнительской дисциплины министерств и ведомств в 1994 году, представляется для рассмотрения и утверждения.

Проверки министерств и ведомств должны организовываться и проводиться Контрольным управлением (Отдел федеральных органов государственного управления) с привлечением специалистов из Аппарата Правительства Российской Федерации, Контрольно-ревизионного управления Минфина России, правоохранительных и других органов контроля (при необходимости).