Права военных начальников требовали расширения, так как на них были возложены задачи по уничтожению отрядов повстанцев, всяческому препятствованию их формированию, водворению «законного порядка» и т. д. В начале мая 1863 г. командующий войсками Виленского военного округа М.Н. Муравьев обратился к военному министру с письмом, в котором настаивал на том, чтобы его полномочия, оговоренные в Положении о главном управлении войск, входящих в состав 1-й армии, от 6 июля 1862 г., были расширены. Он требовал, чтобы в его полное подчинение, как и главнокомандующему войсками Варшавского округа, перешли не только полевые, но и все другие войска, дислоцированные на территории Виленского округа, – резервные, инженерные, внутренней стражи, жандармские; чтобы ему были предоставлены права командира отдельного корпуса в военное время, так как считал, что его приказания должны исполняться всеми в округе, что он может отрешать от должности любого командира и чиновника и назначать других, утверждать по военному суду смертные приговоры в отношении повстанцев и т. д., то есть фактически иметь почти диктаторские полномочия. Д.А. Милютин и Александр II, встревоженные размахом восстания, согласились на это, результатом чего стал приказ военного министра от 7 мая 1863 г., предписывающий войскам Виленского, Киевского и Одесского округов, имевшим до той поры независимые военные управления (резервная пехота и артиллерия, внутренняя стража, инженерные войска и жандармские части), по вопросам «служебного употребления» состоять в ведении командующих войсками округов.

15 мая последовал доклад царю инспекторского департамента Военного министерства «О подчинении командующим войсками в военных округах непосредственно всех войск и военных управлений, находящихся в сих округах», в котором подчеркивалось, что «по настоящему положению дел в Западном крае более чем когда-либо требуется единство в управлении всеми средствами войск»[130]. В качестве целесообразных мер предлагалось исключить из ведения начальника Отдельного корпуса внутренней стражи 7—9-й округа (районы Киевского, Одесского и Виленского военных округов); 10-й округ – Царство Польское – и ранее находился в ведении наместника) и подчинить начальникам военно-окружных управлений инженерные войска и учреждения с упразднением Лифляндского, Киевского и Южного инженерных округов.

Доклад был одобрен Александром II, и предусмотренные в нем мероприятия стали проводиться в жизнь. В июне 1863 г. войска внутренней стражи 7—9-го округов (последние упразднялись) были подчинены командующим Виленским, Киевским и Одесским военными округами. 13 сентября последовал приказ военного министра, который утвердил Положение о переформировании Лифляндского, Киевского и Южного инженерных округов в инженерные управления, которые при этом перешли в состав военно-окружных управлений, получили новые штаты и расписание частей.

Тем временем в Виленском военном округе М.Н. Муравьев, получивший у восставших прозвище «вешатель», с согласия Военного министерства ввел еще одно звено карательного характера: временный полевой суд при штабе командующего округом. В процессе подавления восстания власть Муравьева возросла настолько, что в своих действиях он не считался и с мнением военного министра. Например, когда Д.А. Милютин хотел направить в штаб Виленского округа одного из своих сотрудников (полковника Генерального штаба Лебедева), Муравьев отвечал министру: «Будучи главным начальником края, я считаю себя вправе распоряжаться назначением в служебные должности всех подчиненных мне лиц по моему усмотрению… Поэтому полагаю, что ограничение, которое я должен встретить при возложении служебных обязанностей на полковника Генерального штаба, делает назначение этого штабного офицера в мое распоряжение неудобным, а поэтому и прошу Вас приостановиться отправлением его в Вильно»