Детальной регламентации подверглась система отправления правосудия: были закреплены начала состязательно-обвинительного (суда) и следственно-инквизиционного (розыска) процесса, система доказательств. В порядке состязательного, обвинительного процесса рассматривались менее важные уголовные и гражданские дела. Розыск применялся при разрешении наиболее важных гражданских дел и по серьезным уголовным преступлениям. Соборное уложение 1649 г. усовершенствовало правовые способы принудительного исполнения судебных приговоров по уголовным делам и решений судов по гражданским спорам. При составлении этого обширного законодательного памятника использовалась более высокая юридическая техника, позволившая распределить нормативный материал по главам исходя из предмета регулирования.

Соборное уложение 1649 г. изменило ряд положений, касавшихся церковной юрисдикции. Был учрежден Монастырский приказ, в работе которого наряду с церковными деятелями участвовали и светские чиновники. Созданием этого органа правительство преследовало цель усиления государственного контроля за деятельностью церковных судов. Соборное уложение 1649 г. знаменовало собой новый, более совершенный этап в развитии права, судоустройства и судопроизводства, который соответствовал уже реалиям Нового времени, характеризовавшегося серьезными историческими, экономическими и политическими изменениями, сложившимися к середине XVII в. в России. Бурно развивающиеся торгово-экономические отношения внутри государства и торговые связи с иностранными государствами потребовали через 20 лет принятия дополнительных законов: Новоторгового устава 1667 г. и Новоуказных статей 1669–1679 гг., вносящих изменения в действующее законодательство и отражающих дальнейшее развитие экономики и таможенного устройства в стране.

В середине XVII в. получила развитие приказная система, которая стала важнейшим звеном в системе судебных учреждений. Приказы обладали судебными полномочиями (каждый в сфере своей компетенции). Кроме отраслевых и территориальных приказов стали создаваться специальные приказы, компетенция которых предполагала в основном только судебную деятельность. К ним относились Московский, Владимирский, Дмитровский, Рязанский и Новгородский судные приказы[340].

Г. Котошихин в середине XVII в. подробно описал деятельность приказного суда от начала возбуждения дела до вынесения приговора и его исполнения: «А сидят в них по боярину, да по столнику, да по дьяку и по два. А ведомы в тех приказех судом во всяких делах бояре и околничьи, и думные и ближние люди, и стольники, и стряпчие, и дворяне, и всякие помещики, и вотчинники. А доходов нет никаких, кроме пошлин с судных дел, и того с 500 рублев в год во всякий приказ»[341]. Судебными полномочиями в отношении тяглого населения обладали четвертные приказы.

Приказы были основным звеном в системе центральных судов вплоть до конца XVII в. Судебной деятельностью приказов руководила Боярская дума, которая рассматривала в порядке апелляции жалобы на приговоры всех нижестоящих судебных учреждений. Приговоры и решения Боярской думы могли быть обжалованы перед великим князем и членами его семьи[342].

При Алексее Михайловиче были значительно расширены полномочия воевод, и они постепенно к концу века заменили органы губного и земского управления. В актах последнего периода уже практически отсутствовали демократические принципы вершения правосудия, которые были введены в ходе губной и земской реформ. Явно была выражена тенденция к концентрации власти в руках царя, завершившаяся через несколько десятилетий образованием абсолютной монархии с максимально централизованным государственным аппаратом.