Большое значение в системе церковно-государственных преобразований имел Стоглавый собор, состоявшийся в 1551 г. (почти сразу же после первого Земского собора). Название этот Собор получил по количеству глав (100), содержащихся в его решении. Он был созван по инициативе царя и митрополита Макария и представлял «совет» церковных и светских властей, на котором присутствовали и служилые люди. Многие исследователи полагают, что на этом Соборе был утвержден и Судебник 1550 г.[298] В задачу Собора входило рассмотрение многих «неустройств» в церковной организации, открыто критиковавшихся в обществе, и принятие мер по их устранению. Собор осудил многие пороки, существовавшие в церковно-монастырской среде: содомский грех, пьянственное питие, стрижение бороды, а также отсутствие единообразия в церковных обрядах, иконописании, канонизации отечественных святых и т. п. и принял меры к их устранению. Решениями Собора были унифицированы церковные службы, предложено оформление единого пантеона русских святых, определены каноны иконописания, утверждено правило положения крестного знамения и др. Собор детально разработал юрисдикцию Церкви (гл. 53–68).

На Соборе вновь остро встал вопрос о церковно-монастырском землевладении, но, поскольку иосифляне были на нем в преобладающем большинстве, прямого вывода о секуляризации церковно-монастырских земель не было сделано, однако некоторые ограничения в приобретении земельных владений объявлены: монастырям было запрещено покушать вотчины у служилых людей и принимать их в заклад на помин души. На любое приобретение земель церковно-монастырскими корпорациями после этого Собора требовалось царское согласие. Собор запретил церковное ростовщичество деньгами и «в насыпы», предписав давать деньги «хрестианом без росту и хлеб без насыпу» (гл. 76)[299].

В последующем продолжала проявляться тенденция к ограничению экономической мощи Церкви. При Иване IV в 1580 г. были отменены тарханы с целью воспрепятствовать дальнейшему переходу крестьян помещичьих, дворцовых и черных земель на церковные и монастырские земли, т. е. в интересах поместного дворянства. Соборное уложение ограничило рост церковной собственности, запрещая светским феодалам завещать, продавать и закладывать родовую, выслуженную и купленную вотчину монастырям и духовенству. Соборное уложение давало право на выкуп у духовенства вотчин, собственность на которые перешла к ним от светских феодалов до 1649 г. (ст. 41–42 гл. XVII).

В 1589 г. при царе Федоре Иоанновиче было введено патриаршество и получено официальное закрепление этого статуса. Константинопольский патриарх в силу сложившейся ситуации признал автокефалию Русской православной церкви и создание Московского патриархата.

Таким образом, в период образования централизованного государства Русская православная церковь официально стала национальной и государственной. Однако остро встал вопрос о приоритетах светской и духовной власти. И если при первом патриархе Иове первенство светской власти не оспаривалось, то в период ослабления царской власти во время Смуты и правления первых Романовых обозначились претензии Русской православной церкви на доминирующее влияние в обществе. Например, патриарх Филарет, отец царя, после возвращения из плена стал именоваться так же, как и глава государства – «Государь всея Руси» и пользовался значительным влиянием.

В июле 1652 г. патриархом Московским и всея Руси был избран митрополит Никон – в миру Никита Минин (Минов). С самого начала он продемонстрировал склонность к всевластию, считая, что патриаршая власть – это единственная блюстительница нравственности и канона, исключительных прав и в церковных, и государственных делах. В 1653 г. патриарх направил во все церковные приходы и монастыри предписание о внесении изменения в богослужебный чин и основные церковные обряды (двуперстие заменить трехперстием, земные поклоны – поясными, многоголосие – единоголосием и т. д.). Царь и его окружение поддержали начало церковных реформ, хотя на местах было много противников этих изменений. В 1654 г. Никон инициировал исправление богослужебной литературы. В периоды отсутствия царя в Москве он позволял себе вмешиваться в государственные дела, чем вызывал недовольство у ряда членов Боярской думы и глав приказов. К 1657 г. отношения между царем и патриархом начали портиться, и в июле 1658 г. после очередного конфликта Никон отрекся от патриаршества и удалился в основанный им Новоиерусалимский монастырь. В 1666–1667 г. на Церковном соборе с участием двух вселенских патриархов Никон был обвинен в теократизме и повторно отрешен от сана и священства. После этого он был сослан в отдаленный монастырь.