При Василии III состав Думы стал изменяться. В сентябре 1507 г. впервые боярство было пожаловано окольничему[292]. Постепенно стали привлекать в Думу представителей детей боярских, дворян и дьяков[293]. Она приобретает внутреннюю структуру: делится на комиссии в зависимости от категории рассматриваемых дел (земельное устроение, военная организация, налоговые вопросы, судебные функции). Важные государственные проблемы решаются непосредственно всеми членами Думы, а «думное сидение» становится повинностью высшей феодальной аристократии.

Число членов Боярской думы увеличивалось. Во времена Алексея Михайловича численность Думы возросла с 25–30 до 90–95 думных чинов. В Думе возрастает численность, а соответственно, и роль думных дворян и думных дьяков, т. е. бюрократического аппарата. Это привело к утрате этим органом преимущественно аристократического характера, а вместе с тем и ограничению ее политического влияния.

Наряду с Боярской думой при царе могли действовать и неофициальные органы, пользовавшиеся значительным влиянием. Для решения специальных вопросов при Думе создавались комиссии. Некоторые приказы (например, Поместный и Разрядный) первоначально были также подобными комиссиями.

Во второй половине XVI в. реальное политическое значение Думы было более весомо, чем в XVII в. Боярская дума осуществляла вместе с царем законодательную власть, решала важнейшие вопросы суда, управления, внешней и внутренней политики. В заголовке Царского Судебника указывалось; «Царь и великий князь Иван Васильевич всея Руси со своею братьею и з бояры сей Судебник уложил». Далее в этом же Судебнике говорится, что дальнейшие законы должны издаваться «с государева докладу и со всех бояр приговору». Дума была и высшей судебной инстанцией. Она сама рассматривала дела политические и местнические, а также преступления по должности и являлась высшей апелляционной инстанцией для недовольных решениями приказов. Дума принимала участие в решении наиболее важных государственных вопросов, касающихся внутренней и внешней политики.

Боярская дума была неотделимым от царя учреждением. Она не имела самостоятельной, отдельной от царя компетенции. Ее решения или обсуждались и выносились совместно с царем, или обсуждались и выносились без царя, но им утверждались. Однако в ряде случаев Боярская дума могла самостоятельно осуществлять свои решения без утверждения царя и без его уполномочивания. Царь также издавал иногда указы без участия Боярской думы.

Власть Боярской думы приобретала особое значение в периоды междуцарствия, когда она становилась единственным постоянным органом власти.

Претерпела перемены и ее структура: из нее вначале выделилась Ближняя дума, а затем, несколько позже, – Расправная палата. Но главная перемена в деятельности Думы заключается в том, что она утрачивает свое значение как орган, который вместе с царем решал наиболее важные дела в государстве и принимал законы. Все чаще она собирается для рассмотрения судебных дел по своей компетенции, по жалобам на приговоры или действия приказных судей.

Земские соборы как центральные сословно-представительные учреждения обозначили своим появлением переход к новой форме правления. Первым Земским собором в современной науке принято считать Собор, состоявшийся в 1549 г., вошедший в историю под названием Собора примирения. Царь в своей речи на этом Соборе предъявил боярам их «вины», они, в свою очередь, покаялись и присягнули государю «в службе и верности». На этом же Соборе царь объявил о необходимости принятия нового Судебника и проведения ряда государственно-правовых реформ