Посвященная лишь искусству московская жизнь не могла продолжаться бесконечно. В 1796 году на трон взошел Павел I, чьим товарищем юношеских лет был граф Шереметев. Царь тут же призвал старинного друга на службу в Петербург, произведя его в чин обер-гофмаршала. Теперь в числе обязанностей Николая Петровича было «пробовать все блюда, назначенные к царскому столу». Уезжая из Москвы, граф забрал с собой лучшую часть труппы, включая приму Жемчугову. Теперь ей предстояло блистать на столичных подмостках и даже обрести нового поклонника своего дарования в лице самого императора: за исключительный талант ей был пожалован перстень. Однако взлет ее театральной карьеры был недолгим. В сыром климате туберкулез, мучивший ее с детства, обострился, и вскоре ей пришлось оставить сцену.

Доверенным лицом Шереметева в первопрестольной остался Алексей Федорович Малиновский. На него были возложены обязанности управляющего домовой канцелярией графа и поручено наблюдение за строительством будущего Странноприимного дома. Алексей Федорович был сыном протоирея Федора Малиновского, духовника Николая Петровича. Отец Федор также принимал участие в работах: вел переговоры с архитекторами, наблюдал за ходом строительства. А кроме того, утешал и ободрял прослышавших о сооружении бесплатной больницы и приходивших искать помощи страждущих.

Когда Малиновский приступил к обязанностям смотрителя, работы шли уже два года и была закончена левая часть корпуса (собственно богадельня) с церковью Живоначальной Троицы. Исходный проект здания и смета на строительство принадлежали бывшему крепостному архитектору Елизвою Семеновичу Назарову. Весьма способный ученик зодчего Василия Ивановича Баженова, он прошел обучение в его «архитекторской команде» при Экспедиции кремлевских строений. В 1798 году митрополит Московский Платон дал разрешение на постройку новой церкви – поскольку Ксенинский храм (так по-прежнему называли церковь на Черкасских Огородах) к тому времени пришел в ветхость. В том же году император Павел одобрил начинание Шереметева и дал разрешение продолжить строительство.

Этот год ознаменовался еще одним событием: видя ухудшающееся здоровье подруги, Николай Петрович решил наконец узаконить отношения с возлюбленной. В 1798 году граф Шереметев дал вольную Прасковье, а потом и ее семье, а спустя три года (уже после свержения Павла и воцарения на престоле Александра I) тайно обвенчался с актрисой. В записке, найденной в бумагах лучшей подруги Жемчуговой – Татьяны Васильевны Шлыковой (балерины графского театра, на сцене именовалась Гранатовой), было отмечено, что случилось это «в Москве, в среду 6 ноября 1801 г., в день святого Павла архиепископа Константиноградского в 7 часов по полудни на Поварской улице, в церкви Симеона Столпника» (храм можно увидеть и в наши дни в центре Москвы). При тайной церемонии присутствовали князь Андрей Николаевич Щербатов, Алексей Федорович Малиновский, Татьяна Васильевна Шлыкова и Николай Никитич Бем, служащий домовой конторы Шереметева.

Венчался Шереметев уже с дворянкой Ковалевской: крепостной стряпчий Никита Скворчев тщательно поработал с архивом графа. Вскоре «обнаружились» нужные документы. Прасковья Ковалева теперь принадлежала к польскому дворянскому роду Ковалевских. В1667 году в русский плен (по этим документам) попал Якуб Ковалевский. Потомки его позднее очутились в доме сподвижника Петра – генерал-фельдмаршала Б. П. Шереметева. Дополнительным свидетельством благородного происхождения Прасковьи стал медальон на золотой цепочке, подаренный ей графом. В нем хранился портрет ее названного отца.