Далее Харнак рассматривает отдельные черты и особенности, в которых можно распознать характерные черты схоластики, и отдельные обвинения, которые обычно выдвигаются против средневекового научного метода. В частности, он подчеркивает, что «ни зависимость от авторитетов, ни преобладание дедуктивной науки не являются особенно характерными для схоластики; ведь связанные науки существовали во все времена, а диалектико-дедуктивный метод – это средство, которым должна пользоваться каждая наука, имеющая смелость энергично отстаивать убеждение в единстве всего существующего29 Более того, этот диалектико-дедуктивный метод скрепления церковного учения, противоречившего самому себе в существенных пунктах, должен был быть объявлен непогрешимым, как вечная божественная истина, философией, известной лишь по плохим фрагментам, часто совершенно непонятой, по своей сути чисто индивидуальной, дохристианской; ибо без этих чудовищных допущений подвиг остался бы невозможным. И вот это богословие и эта философия – которые, к тому же, не имели между собой ничего общего – были заключены в насильственный брак, и это чудовище было навязано человечеству как абсолютная, всеохватывающая система для безусловного принятия… Ансельм, умерший в 1109 году, может считаться родоначальником этого метода глушения мыслей и чувств».

Ученые утверждают, что это был не единственный преобладающий метод, а реализм, представленный Альбертом и Фомой, следуя импульсам Августина, прекрасно опирался на опыт, даже если наблюдение за внешним миром было весьма несовершенным.30

Харнак защищает схоластику от обвинений в искусственно придуманных проблемах. «Судя по их предпосылкам, эти проблемы не были искусственными, и тот факт, что они смело решались, доказывал наличие научной энергии».31 Харнак считает утверждение Нитча о том, что схоластика формалистична, едва ли верным cum grano salis. «Как можно назвать формалистическим тот способ мышления, который в высшей степени заинтересован в том, чтобы связать все с живым единством?».32

Харнак положительно определяет теологическую науку XIII века как «диалектико-систематическое рассмотрение церковной догматики и церковных действий с целью развить их в единую систему, охватывающую все, что стоит знать в высшем смысле, доказать это и таким образом сделать все силы разума и весь выход науки доступными для церкви».33 «Основной предпосылкой схоластики – по крайней мере, до момента ее распада – является тезис о том, что все вещи должны быть поняты из теологии, что все вещи, следовательно, должны быть прослежены до теологии». 34«Auctoritas и ratio (диалектико-дедуктивный метод) доминируют в схоластике, которая отличается от старой теологии тем, что авторитет догмы и церковной практики установлен более прочно, и что человек больше не жил в связанной философии (античной), а добавил ее извне.35

Берлинский церковный историк дает благоприятную оценку схоластике и схоластическому методу, пишет36:

«Можно сказать, что схоластика представляет собой уникальный пример того, что мысль идет своим путем даже в самых неблагоприятных условиях и что даже самые серьезные предрассудки, которые ее сковывают, не настолько сильны, чтобы ее заглушить. Наука Средневековья демонстрирует испытание силы мысли и энергию, направленную на то, чтобы подчинить мысли все реальное и ценное, которую, возможно, не предлагает нам ни одна другая эпоха».

Харнак также рассмотрел схоластику в ее отношении к патристике и отметил связь между схоластикой и мистикой. В первом случае он установил тесную связь между средневековой и патристической наукой. «В этом смысле все научные разработки Запада в Средние века являются лишь продолжением того, что греческая церковь уже пережила частично и продолжала переживать в слабых движениях».