В XV веке Церковь защищала богословское преподавание и ученость в том виде, в каком они развивались в университетах, от нападок Виклифа, а значит, косвенно и схоластический метод.63 В булле «Triumphantis Hierusalem» от 14 марта 1588 года, в которой святой Бонавентура был возведен в ранг доктора экклесии, Сикст V в восторженных словах прославил схоластическую теологию и ее главных представителей Фому Аквинского и Бонавентуру и продемонстрировал необходимость и пользу схоластического метода для Церкви и церковной науки именно от нападок противников веры64.

В эпоху Просвещения Пий VI решительно отверг обвинения Пистойского синода против схоластики в конституции «Auetorem fidei» от 28 августа 1794 года.65

Во время понтификата Пия IX произошел ряд провозглашений церковной власти в пользу схоластического метода.

В последнем из четырех предложений, представленных Конгрегацией Индекса на подпись традиционалисту Огюстену Боннети 11 (15) июня 1855 года, метод, использованный Фомой и Бонавентурой, защищается от обвинений в рационализме.66 В письме «Tuas libenter», которое Пий IX направил архиепископу Мюнхена 21 декабря 1863 года по поводу Мюнхенского собрания католических ученых, vetus schola, схоластическая доктрина и метод защищаются от ложного мнения, распространенного о них в Германии.67

Силлабус от 8 декабря 1864 года в п. 13 отвергает утверждение, что метод и принципы, в соответствии с которыми схоласты занимались богословием, более не соответствуют требованиям нашего времени и прогрессу науки.68 Более того, предоставляя разуму, просвещенному верой, возможность обрести определенное и наиболее плодотворное проникновение в тайны через сравнение с естественным знанием, через созерцание истин веры в их связи друг с другом и с конечной целью человека, II Ватиканский собор, несомненно, высказывается в пользу схоластического интеллектуализма и рассматривает, что составляет суть и ядро схоластического метода69. Не будет преувеличением, если протестантский церковный историк Карл Холл заметит по поводу декрета от 24 апреля 1870 года (Constitutio dogmatica de fide catholica), что он «подтвердил доктрину принципов в духе Фомы и тем самым утвердил схоластику в качестве классической формы католической систематики на все времена.70

Лев XIII неоднократно и столь категорично представлял схоластическую доктрину и метод работы, примером которых является Фома Аквинский, как норму и идеал для католических спекуляций в философской и теологической областях, что имя Аквинского кажется неразрывно связанным с его понтификатом.71

Прежде всего, много обсуждавшаяся энциклика «Aeterni Patris» от 4 августа 1879 г. стала значимой для возрождения томистской философии.72 В этом циркулярном письме принципиально и исторически объясняется использование философии для исследования и защиты истин веры и показывается, как семя, заложенное Отцами в первобытные и раннехристианские времена, получило славное развитие во времена схоластики, особенно благодаря св. Фоме. В частности, святого Фомы, и как научный труд и методы работы Аквинского имеют ценность и значение для современной церковной науки, особенно для философских исследований. Таким образом, это циркулярное письмо касается не только сути, но и, по крайней мере в основных чертах, истории схоластического метода и в этом отношении особенно подчеркивает преемственность между патристикой и схоластикой.73

Самым последним заявлением церковного авторитета в отношении схоластического метода является энциклика «Paseendia Pius X о доктрине модернистов» от 8 сентября 1907 года, в которой упоминается отказ от схоластического метода как характерная черта модернизма и приводится ссылка на п. 13 Силлабуса Пия IX. Кроме того, во главе мер, предписанных против модернизма, стоит строгое постановление о том, что схоластическая философия должна стать основой церковных исследований.