В процессе подготовки к коронации Александра II и вскоре после нее именно Кёне разработал новый проект российского государственного герба: три его варианта – Большой, Средний и Малый – были утверждены императором 11 апреля 1857 года. Кёне создал также родовой герб Романовых, систему гербов для членов императорской фамилии, а также флаг гербовых цветов (черно-желто-белый), употреблявшийся вплоть до коронации Александра III в 1883 году.

На посту управляющего Гербовым отделением Департамента герольдии Кёне осуществил масштабную реформу русской геральдики, стремясь унифицировать и придать системность корпусу российских родовых и территориальных гербов. При этом он руководствовался формальными правилами и традициями западноевропейской, прежде всего немецкой геральдики. Среди существенных его нововведений – разворот движущихся фигур во многих гербах в правую сторону (как это было принято в европейской геральдической традиции). Так, в правую сторону «развернулся» и московский Георгий Победоносец. Ряд фигур, которые Кёне счел неприемлемыми для геральдики, был заменен на новые, более «геральдичные»: например, место прядильного станка в гербе подмосковного города Богородска заняли шесть червленых пустых ромбов. Изменилась и структура городских гербов: если раньше городской герб делился горизонтально на две части, из которых в верхней помещался герб губернии, а внизу – собственно города (система, возникшая в екатерининскую эпоху), то теперь для губернских гербов (в составе городских) отводилась так называемая вольная часть в верхнем правом углу щита. Опираясь на распоряжение Николая I 1851 года, Кёне ввел систему украшений гербовых щитов территориальных и городских гербов – корон, венчающих щит, фигур, располагавшихся за щитом или обрамлявших его, – дубовых листьев, колосьев, орденских лент, скипетров, знамен, якорей и т. д. Все это делало российские гербы изобразительно более пышными и геральдически насыщенными.

Приступив к работе в Герольдии, Кёне сразу начал подготавливать теоретическую базу для своей деятельности. Уже к 1857 году относится первая «Записка о правилах составления герба». Затем последовал целый ряд других документов, в том числе «Правила составления и утверждения гербов…», принятые Департаментом герольдии в 1859 году и касавшиеся как родовой, так и территориальной геральдики, и «Инструкция Гербового отделения для составления гербов». Они определили порядок оформления «геральдического» делопроизводства, установили принципы и правила составления гербов, выработали соответствующие рекомендации. Среди важных положений было и такое:

Инструкции и записки, подготовленные Кёне, носили системный характер, охватывая различные аспекты геральдической практики, а не просто затрагивая какую-то одну область или отдельные элементы герба.

В конце XIX века определенный вклад в русскую теоретическую геральдику внес и барон Павел Павлович фон Винклер (1866 – ок. 1937), известный своим каталогом российских городских и территориальных гербов. Выпускник Пажеского корпуса, он служил в прославленном лейб-гвардии Семеновском полку, потом вышел в отставку и активно занялся геральдикой, генеалогией, нумизматикой, фалеристикой и оружиеведением. Довольно скоро он приобрел известность как специалист в этих областях знания: так, в течение ряда лет он вел отдел, посвященный генеалогии и геральдике, в популярном в те годы журнале «Всемирная иллюстрация», а в энциклопедическом словаре Брокгауза – Ефрона ему принадлежат «геральдические» статьи. Правда, его публикации не всегда отличались высоким научным уровнем, а деятельная натура мешала осуществлению всех намеченных, порой масштабных планов. Так случилось и с его «Русской геральдикой». В начале XX века Винклер отошел от занятий историей, сфера его интересов сместилась в совершенно иную плоскость. В течение нескольких лет он являлся директором Петербургского зоологического сада, опубликовал ряд трудов по птицеводству и печатался в журналах сельскохозяйственной тематики. Еще до Первой мировой войны он оказался за границей, а после событий 1917 года остался там и последние годы жизни провел в США.