В ночь с 12 на 13 августа 1961 г., по тайному согласованному решению Хрущёва и лидера ГДР Ульбрихта, граница между Восточным и Западным Берлином была закрыта. В считаные часы были перекрыты улицы, забаррикадированы подъезды, обрезана телефонная связь, разобраны рельсы надземного и подземного транспорта. Тысячи берлинцев оказались отрезаны от своих родных и близких, потеряли место работы. В последующем на границе была построена пограничная полоса с колючей проволокой, минными полями и бетонной стеной с обзорными вышками и пулеметами. При попытках перебежать на Запад пограничники ГДР открывали огонь на поражение. 17 миллионов восточных немцев остались в «социалистической Германии» словно в клетке. Хрущёв был доволен: «таяние» людских ресурсов ГДР было остановлено таким простым способом. Администрация Кеннеди и руководство других западных держав, опасаясь военных стычек в Берлине, заняли позицию наблюдателей и даже не объявили ГДР экономическую блокаду.

Опасения были не напрасными. 26–27 октября протокольный конфликт между американскими военными и пограничниками ГДР на пропускном пункте в Берлине привел к быстрой эскалации и появлению американских танков на границе. Советские власти ошибочно решили, что США решили снести Берлинскую стену. В течение суток американские и советские танки стояли напротив друг друга с работающими моторами. К счастью, у Хрущёва, после переписки с Кеннеди по тайным каналам, хватило здравого смысла отвести советские танки первым. Этому примеру последовали американцы.

Этот эпизод не охладил пыл Хрущёва, а, наоборот, укрепил его уверенность в том, что США войны не желают, и из Кеннеди можно выдавить уступки. 1 сентября 1961 г. СССР в одностороннем порядке возобновил наземные испытания ядерного оружия (прекращенные, по взаимному уговору с США, в 1958 г.) и довел их число до 80 в год. На совещании с физиками-ядерщиками Хрущёв сказал, что ему нужна «супербомба», которая «висела бы как дамоклов меч над империалистами». Такую бомбу изготовила группа физиков во главе с Андреем Дмитриевичем Сахаровым. Бомба в 100 миллионов тонн тротила (100 мегатонн), самая мощная в истории, имела взрывную силу больше чем всё количество взрывчатки, использованной за Вторую мировую войну. Эта бомба была 30 октября 1961 г. сброшена с бомбардировщика Ту-95 над северным островом архипелага Новая Земля. С целью избежать разрушений на советской же территории бомба была испытана вполсилы. Её заряд составил примерно 58 мегатонн.

Последний советский ядерный взрыв состоялся в октябре 1990 г. По официальным данным, за 42 года было проведено 715 испытаний 969 устройств.

Несмотря на стабилизацию ГДР за счет возведения Берлинской стены, Хрущёв не был заинтересован в снижении напряженности в Германии. На заседании Президиума ЦК в январе 1962 г. он сравнил свою политику давления с наполненным до краев стаканом, где жидкость едва не переливается через край. Если такого давления «не будем иметь», говорил Хрущёв своим коллегам, то «врагу дадим спокойно жить».

Соревнуясь с США, КГБ и военно-промышленный комплекс рождали в этот период проекты один чудовищнее другого: от подготовки диверсий на базах НАТО до строительства ядерной суперторпеды, которая могла бы вызвать цунами и смыть с лица земли Нью-Йорк. Действуя в этом духе, 18 мая 1962 г. Хрущёв предложил на Совете Обороны направить на Кубу советские ракеты с ядерными боеголовками. 21 мая «ручной» Президиум поддержал это предложение (сомнение выразил лишь один Микоян). Просматриваются три причины, по которым Хрущёв пошел на эту рискованную акцию. Во-первых, он боялся, что рано или поздно США вторгнутся на Кубу и свергнут режим Кастро. Это означало бы политическое поражение СССР и лично Хрущёва, поскольку с весны 1960 г. Куба фактически стала частью советского блока и получала большую советскую помощь, а кубинская революция пользовалась громадной популярностью в советском обществе.