С другой стороны, собирание русских земель в период правления Ивана III перестало, как правило, быть делом захвата или частного хозяйственного соглашения московского князя с соседними князьями. Желание присоединиться к Москве высказывали различные слои населения, в 1463 г. присоединилось Ярославское, в 1474 г. – Ростовское княжество. В княжествах Северной Руси к Москве тяготел служилый класс, соблазняясь выгодами городской службы. Наконец, в черниговских княжествах, зависевших от Литвы, присоединение к Москве осуществилось в процессе борьбы с католической пропагандой, которая началась в Западной Руси с XIV в. при содействии польско-литовского правительства.

Однако только присоединение Новгорода к Москве можно считать первым серьезным шагом к централизации, так как Иван III не ограничился утверждением своего суверенитета над покоренным городом, а приступил к перестройке новгородской политической жизни по московскому образцу. Формально Новгород и раньше признавал власть великого князя московского, но до 1478 г. речь шла о чисто феодальной связи вассального города с сеньором, о распределении полномочий между разными властями. Во времена Василия II новгородцы допустили московских бояр к участию в своем судопроизводстве, обязались платить подати в Москву и не вступать в сношения с врагами великого князя. Иван III стремился управлять Новгородом так, как он это привык делать на старых московских землях. Опираясь на военную силу, московский князь сумел осуществить это стремление. В Новгороде были упразднены вечевые собрания; те полномочия, которые раньше принадлежали посадникам, передавались великому князю и его наместникам. В грамоте, отправленной Иваном III в Москву 20 января 1478 г., великий князь весьма точно сформулировал смысл происшедших перемен, заявив, что стал в Новгородской земле таким же государем, как и в своей столице.

Усилив свои позиции, Иван III начал вести себя как независимый от монголов государь, перестал платить им дань. «Стояние на Угре» в ноябре 1480 г. войск Большой Орды и русской дружины закончилось в пользу последней, что символизировало установление независимости Руси. Этому событию предшествовала дипломатическая и военная подготовка. Иван III с 1476 г. перестал платить ежегодный «выход». Хан Большой Орды Ахмат, стремясь восстановить прежний порядок, весной 1480 г. двинул войска на Москву. Хан рассчитывал, что Иван III не сможет оказать серьезного сопротивления: ссора с братьями – удельными князьями помешает ему выставить большое войско. Хан также надеялся на помощь Литвы. Однако Ивану III удалось помириться с братьями, а опасность со стороны Литвы была нейтрализована действиями крымского хана Менгли-Гирея, который, будучи союзником Москвы, двинул свои войска на литовские владения. Московские полки заняли позиции на реке Угре. Попытки Ахмата перейти Угру в октябре были пресечены русскими войсками. Опасаясь ранней зимы и бескормицы, Ахмат отступил и увел войска в Орду, так и не решившись на генеральное сражение с русскими. Фактически он признал свое поражение. Зависимость Руси от Орды более не возобновлялась.

Покорение Новгорода, независимое положение которого было своеобразным противовесом усиливавшемуся влиянию Москвы, кардинально изменило политическую ситуацию в русских землях и позволило Ивану III и его сыну Василию III не только закрепить процесс «собирания русских земель», начавшийся в XIV в., но и начать действительную централизацию государства. В конце XV – начале XVI в. к Москве были присоединены Тверское (1485) и Рязанское (1517–1521) княжества, Псковская республика (1510); отменены особые права Ярославля и Ростова, сохранявших ранее известную автономию при подчинении великим князьям.