Поводом для раскола стала богослужебная и обрядовая реформа патриарха Никона. Собственно, определенные шаги в этой области предпринимались и раньше. Многие будущие идеологи старообрядчества – протопоп Аввакум Петров, протопоп Иоанн Неронов, царский духовник протопоп Стефан Вонифатьев и другие составляли вместе с Никоном кружок ревнителей «древнего благочестия», признавали необходимость «исправления» богослужебных книг, в которых из-за многократного переписывания в допечатную эпоху вкрались серьезные ошибки. Цель реформы также была благая: добиться единства обрядности со всем православным миром, укрепить церковную дисциплину, мораль и нравственность. Но методы проведения реформы, как с точки зрения богословской (теологической), так и практической, оттолкнули от Никона многих бывших друзей и сподвижников. Патриарх распорядился править русские богослужебные книги по современным ему греческим книгам, изданным в католической Италии, открыто и немотивированно попирал постановления Стоглавого поместного собора 1551 г., оскорблял епископов и священников, осмеливавшихся выступить хотя бы с частной критикой реформы, поручал дело реформирования священных для русских людей текстов и обрядов международным проходимцам вроде Паисия Лигарида и Арсения Грека. Отсутствие элементарного такта, самоуверенность и безапелляционность Никона направили нужную и важную церковную реформу по пути конфронтации. Верность старым обрядам стала дополнительным фактором и мотивом для недовольных, имевших теперь и религиозное оправдание своему сопротивлению государству. Пиком противостояния стало восстание в Соловецком монастыре 1668–1676 гг. Многолетняя осада завершилась взятием монастырских укреплений только в результате подкупа одного из защитников. Большинство соловецких ревнителей старообрядчества было истреблено.

Идеологи старообрядчества подверглись преследованиям и пыткам. Наиболее фанатичные противники реформы протопоп Аввакум, дьякон Федор, поп Лазарь и инок Епифаний были сосланы на север в Пустозерский острог, где были сожжены уже в царствование Федора Алексеевича за государственное преступление – «великия на царский дом хулы».

Но и патриарху Никону недолго пришлось торжествовать. Его стремление подчинить патриаршеству царскую власть являлось реакционным и несовместимым с русской государственной традицией. К 1658 г. наступило резкое охлаждение отношений патриарха с царем, прежде глубоко уважавшим Никона, возвысившим его и готовым к согласию с ним в вопросах церковных, но отвергавшим претензии на светскую власть. Воспользовавшись как формальным поводом оскорблением, нанесенным его приближенному, Никон демонстративно оставил патриаршью кафедру, рассчитывая, что царь ужаснется «вдовству Церкви» и станет умолять его вернуться на условиях своего подчинения патриарху. Но царь Алексей Михайлович проявил лишь сдержанную корректность, попросил Никона вернуться, а когда тот отказался, не стал настаивать. В 1664 г. Никон попытался вернуться на патриаршество, но ему было недвусмысленно заявлено от имени государя, что он по собственной воле незаконно оставил свое служение и теперь должен ожидать решения своего вопроса. В 1666 г. Собор восточных патриархов и российского духовенства рассмотрел дело Никона и лишил его патриаршего сана. Никон был сослан в Белозерско-Ферапонтов монастырь. В 1681 г. царь Федор Алексеевич амнистировал опального Никона и разрешил ему вернуться в построенный им под Москвой Новый Иерусалим, но по дороге бывший патриарх скончался. Созданный его действиями раскол принес неисчислимые бедствия сотням тысяч верующих соотечественников, и лишь в XX в. Русская православная церковь признала несправедливость наложенных на старообрядцев проклятий.