Великий князь, боясь мятежа в столице, уехал из Кремля и поселился за городом. А для гнева москвичей были основания: им стало известно, что Иван отправил свою семью и казну на Белоозеро. Подобная предусмотрительность, как знали москвичи из прошлого, обычно оборачивалась тем, что великий князь бросал столицу на произвол судьбы. Духовник Ивана III, ростовский епископ Вассиан, в своем послании к Ивану назвал его «бегуном», обвинил в трусости, призвал не слушать «партию мира», а смело идти путем Дмитрия Донского. Чтобы не произошло возмущения горожан, церковные иерархи уговорили остаться в столице мать великого князя, инокиню Марфу (Марию Ярославну).

После некоторых колебаний 3 октября Иван снова отправился к войскам на реку Угру. Епископ Вассиан писал Ивану, что освобождает его от ответственности за покушение на высшую, царскую власть: «Не как на царя пойдешь, но как на разбойника, хищника и богоборца».

Согласно легенде, конфликт с Ордой начался с того, что Иван грубо встретил послов Ахмата. Он растоптал басму (пластинку, служившую верительной грамотой) и приказал убить послов. Эта легенда недостоверна: Иван был опытным, осторожным правителем. Известно, что он долго колебался – вступить ли в смертельную битву с татарами или все-таки подчиниться Ахмату. Да и на реке Угре Иван не был уверен, нужно ли биться с татарами до конца или, плюнув на свою гордость, встать перед Ахматом на колени. Уж слишком казался велик риск потерять все в битве с грозным врагом. И все-таки решимость к сопротивлению в нем утвердили москвичи и Вассиан. Так случилось, что к этому времени настроение в Москве окончательно склонилось в сторону борьбы за независимости. Крепнущая мощь Московского государства, хронические распри в Орде возбуждали в русских людях уверенность в своих силах. Сознание могущества Руси явно приходило в очевидное несоответствие с ее статусом. Важную роль в решимости Ивана сыграла и его жена Софья Палеолог. Посол Герберштейн находил тогдашнее положение Ивана странным: «Как он не был могуществен, а все же вынужден был повиноваться татарам. Когда прибывали татарские послы, он выходил к ним за город навстречу и, стоя, выслушивал их сидящих. Его гречанка-супруга так негодовала на это, что повторяла ежедневно, что вышла замуж за раба татар…» С этим надлежало покончить…

Тем временем Ахмат решил обойти линию русской обороны западнее реки Оки, стать поближе к дорогам, по которым обещали подойти литовцы. Так, в начале октября 1480 г. основные силы ордынцев и русских сошлись на реке Угре, притоке Оки. Все попытки монголо-татар форсировать Угру русские войска отбили. Противники, опасаясь друг друга, ограничивались перестрелкой, причем тогда впервые в истории в полевых условиях действовала русская артиллерия.

Некоторые современные историки называют стояние на Угре сражением. В принципе, это стояние сыграло роль победной битвы, но все-таки генеральной битвы так и не произошло. Через парламентеров Иван просил хана уйти, обещая признать Московское государство «царевым улусом». Но Ахмат требовал, чтобы Иван прибыл к нему лично и «был у царева стремени». Иван же к хану не только сам не поехал, но и не послал сына, как требовал обычай заложничества – гарантии принятых обязательств. В ответ Ахмат грозил Ивану: «Даст Бог зиму на вас, и реки все станут, ино много будет дорог на Русь». Но сам он зимы опасался гораздо больше, чем великий князь. Простояв так до 11 ноября и не дождавшись прихода союзных войск литовцев (на которых очень кстати тогда напал союзник Ивана III, крымский хан Менгли-Гирей), Ахмат ушел в степи. Так закончилось победное, принесшее Руси независимость «стояние на реке Угре».