Московское государство, таким образом, постепенно освободилось от Заруцкого, Лисовского и воровских казачьих шаек; но трудная борьба с внешними врагами, шведами и литво-поляками, продолжалась одновременно. Эти враждебные соседи Руси не только старались удержать в своих руках захваченные ими русские области, но и отстаивали своих претендентов на московский престол и не хотели признать Михаила Федоровича законно выбранным царем.

В июне 1613 года молодой шведский король Густав Адольф известил новгородцев, что отпустил брата своего Карла Филиппа в Выборг, куда они должны прислать уполномоченных для заключения договора об избрании Филиппа на российский престол. Занятый шведским гарнизоном графа Делагарди Великий Новгород исполнил требование короля: духовные и мирские власти, с митрополитом Исидором и воеводой Иваном Никитичем Одоевским Большим, отправили уполномоченными хутынского архимандрита Киприана, дьяка Сергеева, нескольких дворян, одного гостя и одного торгового человека. Но уполномоченные эти оказались в ложном положении: они могли говорить только от лица Великого Новгорода; а шведы требовали избрания Филиппа на престол не одной Новгородской земли, а всего Московского государства. Несколько месяцев длились бесплодные переговоры, после чего Карл Филипп из Выборга воротился в Стокгольм. Густав Адольф, очевидно, не считал в своих интересах создавать из Новгородского края отдельное владение для своего брата и предпочитал этот край присоединить прямо к Шведскому королевству. В январе 1614 года фельдмаршал Эверт Горн, временно заступивший здесь графа Делагарди, предложил новгородцам принести присягу на верноподданство королю Густаву Адольфу. Новгородские власти долго медлили ответом; потом распорядились отобрать мнения от жителей всех пяти концов посредством их старост; наконец, согласно этому мнению, били челом королю, чтобы он не нарушал договора, заключенного при сдаче города с графом Делагарди, и не заставлял их быть клятвопреступниками против королевича Филиппа, которому они присягали и хотят остаться верными. Затем они выпросили позволение послать того же архимандрита Киприана с несколькими дворянами в Москву для переговоров с боярами относительно избрания королевича Филиппа на российский престол. Но это посольство в действительности послужило только средством войти в непосредственные сношения с московским правительством и просить государя об освобождении Новгорода от владычества иноземцев. За свой русский патриотизм Киприан по возвращении подвергся жестоким преследованиям со стороны Горна, то есть побоям и заключению. (Сей Киприан впоследствии был первым сибирским архиепископом, а наконец и новгородским митрополитом.) Фельдмаршал Горн разными притеснениями, и в особенности правежом, принуждал новгородцев присягнуть на подданство королю Густаву Адольфу; но только у немногих граждан удалось ему вынудить эту присягу.

Меж тем военные действия не прекращались с обеих сторон и шли с переменным успехом. В 1613 и 1614 годах они сосредоточились преимущественно около города Тихвина с его монастырем, который славился чудотворной иконой Божьей Матери. Государь послал воевод князя Прозоровского и Вельяминова для освобождения Тихвина, в котором стоял гарнизон, смешанный из русских и шведов. Русские, узнав о приближении царских воевод, восстали и начали бой со шведами; когда же подоспела помощь от воевод, город был совершенно очищен от неприятеля.