Рядом с этими биографическими чертами правительственные акты того времени показывают, что в заботах о материальном благосостоянии своей обители знаменитый архимандрит не отставал от других настоятелей, которые выхлопатывали разные льготы их монастырям, наиболее прославившимся в Смутную эпоху, каковы Кирилло-Белозерский, Ипатьевский, Соловецкий и прочие. Так, вместе с известным келарем Авраамием Палицыным Дионисий бил челом государю об изъятии всяких монастырских грамот от платежа пошлин, о возобновлении в Москве на Конской площади пошлины, взимаемой с продажных лошадей в пользу Троицкого Сергиева монастыря, о дозволении отыскивать и возвращать в вотчины этого монастыря крестьян, бежавших в течение прошлого десятилетия, то есть почти за все Смутное время; о том, чтобы Троицкий монастырь во всех делах ведался в одном приказе Большого дворца (где тогда начальствовал временщик Борис Мих. Салтыков), и так далее. И все эти просьбы обыкновенно удовлетворялись.

В московское разоренье, когда поляки выжгли столицу, сгорел и Московский печатный двор. В первые же годы Михайлова царствования решено было возобновить печатание богослужебных книг. Но вместе с тем поднят был вопрос об их исправлении или об очищении их от разных искажений и примесей, вносимых в течение веков небрежными и невежественными переписчиками, то есть возобновили труд, начатый еще Максимом Греком. Для сего труда, между прочим, вызвали в Москву троицкого канонарха старца Арсения Глухого, знакомого с греческим языком, и клементьевского священника Ивана Наседку. А эти два лица, в свою очередь, били челом, что особенно испорчена от неразумных писцов по всей Русской земле настольная книга Потребник и что им одним с этой книгой не справиться. Тогда по царскому указу (1616 г. 8 ноября) исправление Потребника поручено было преимущественно троицкому архимандриту Дионисию; а он, кроме названных лиц, в помощь себе должен был выбрать тех из монастырских старцев, «которые подлинно и достохвально извычны книжному учению и граматику, и риторию умеют». Дионисий с обычным рвением и добросовестностью принялся за порученный им труд и довольно скоро его окончил. При исправлении Потребника он и его товарищи, между прочим, уничтожили прибавочные слова «и огнем» в молитве при освящении богоявленской воды («и освяти воду сию Духом Твоим Святым и огнем»). Эта невежественная прибавка из неисправных рукописей успела уже перейти в Потребники, напечатанные при царе Федоре Ивановиче и патриархе Иове. Но уничтожение ее возбудило ропот.

В числе наиболее негодующих оказался помянутый выше головщик Логин, который при царе Василии Шуйском и патриархе Гермогене сам участвовал в печатании церковных уставов и самовольно вносил в них разные искажения. Он вместе с уставщиком Филаретом и ризничим Маркеллом написал в Москву донос на мнимую ересь Дионисия и его сотрудников. Местоблюститель патриаршего престола митрополит Крутицкий Иона, человек недалекий и малосведущий, дал ход доносу; вызвал Дионисия с товарищами и подверг их строгому розыску. Пристрастные судьи потребовали с Дионисия 500 рублей и, не получив их, велели заключить его в оковы, водить его к митрополиту в праздничные дни по улицам и площадям; чем выставляли его на поругание простому народу, в который была пущена молва, что это такие еретики, которые хотят вывести из мира огонь. Великую старицу Марфу не преминули вмешать в это дело, представляя ей исправителей еретиками.

Дионисий с терпением и кротостью переносил посланное ему тяжкое испытание, а печаловался только о своих товарищах. Из них Арсений Глухой не выдержал и подал челобитную боярину Борису Михайловичу Салтыкову, начальнику приказа Большого дворца, который, как мы видели, по просьбе самой братии, ведал Троицкий монастырь. Арсений, хотя и оправдывал поправки, но жаловался на Дионисия (и Ивана Наседку) в том, что он такое важное дело совершал не в Москве на глазах у митрополита, а у себя в монастыре. Обвиняемые были осуждены духовным собором. Дионисий приговорен к ссылке в Кириллов Белозерский монастырь (1618 г.). Но так как в это время случилось нашествие на Москву королевича Владислава и пути не были свободны от неприятельских отрядов, то архимандрита заключили пока в Новоспасском монастыре, причем не только наложили на него епитимию в 1000 поклонов, но подвергали побоям и другим мукам