Однако для российских властей это не имело никакого значения, поскольку крестьяне были исключительно крепостными. И в обладании этими крепостными польские помещики соединялись с российскими, которые на пути дарений им поместий оказались в Польше. Таким образом, компромиссная политика русского правительства в отношении поляков являлась также (в отличие от более поздних соглашений) проявлением единения польского и российского дворянства, что нашло отражение в общественной жизни наподобие того, как взаимодействуют у человека правая и левая руки.

Тем не менее политика компромиссов и идея возрождения польского государства с помощью одной из держав, разделивших Польшу, неожиданно натолкнулись на протест. И исходил он от самого предводителя последнего восстания в борьбе за независимость Костюшко.

Выпущенный из темницы Павлом I, в середине 1797 года Костюшко уехал в Америку. Но уже через год он вернулся во Францию, немедленно отослал назад императору подарок в размере 50 000 рублей, полученный им на отъезд, и публично порвал с ним. Тогда Домбровский со своими легионами, польское агентство «Барса» и парижская Депутация провозгласили его народным вождем и перешли под его руководство. Костюшко согласился со своим новым положением, примирил конфликтовавших между собой соотечественников и был демонстративно принят во Франции как борец за свободу. Во французском правительстве он выступил в защиту легиона Домбровского и поддержал идею создания нового польского легиона на Рейне под командованием Княжевича.

Однако долго проводить такую политическую линию ему было не суждено. Подкошенный длительной болезнью от полученных во время сражения при Мацейовицах ран и временем, проведенным в заключении, а еще больше тем, что принес русскому императору верноподданническую клятву, он утратил способность к успешным действиям. Не разбираясь в замысловатых приемах практической политики, Костюшко все больше и больше укреплялся в необходимости осуществления разработанной им доктрины и, веря в ее силу, даже не задавался вопросом, можно ли ее осуществить в сложившихся условиях.

Ранее уже говорилось, что еще до прибытия Костюшко в Польше столкнулись друг с другом сторонники двух направлений. Первые придерживались лозунгов конституции 3 мая и не хотели выходить за их пределы, то есть придерживались монархической формы правления и сохранения крепостничества, а вторые выступали под лозунгами восстания 1794 года, то есть республиканской формы правления и освобождения крестьянства, считая, что иначе поляки не могут рассчитывать на поддержку революционной Франции. С последними и пошел, наконец, Костюшко, вступив в ноябре 1799 года в варшавское Общество польских республиканцев, которое провозгласило «ненависть к монархизму, освобождение нации и создание национального правительства по принципу подлинного равенства и соблюдения прав человека».

Согласившись с этим лозунгом, Костюшко сразу же столкнулся с Княжевичем, который доказывал ему, что Франция из-за поляков войну никому не объявит и что Польшу могут возродить только общие интересы Франции с одной из разделивших Речь Посполитую держав. Не желая этого признавать, Костюшко призвал легионеров поклясться в ненависти к королям и аристократии, но, услышав от Бонапарта, что спасение Польши должно быть предоставлено ее дальнейшей судьбе, перестал ему досаждать, хотя первый встречный шаг он сделал еще тогда, когда тот провозгласил себя консулом.

Случилось так, что император Павел I после похода Суворова в Италию и русско-английской военной кампании в Нидерландах, а также после великой победы Бонапарта при Маренго отвернулся от коалиции с Англией и Австрией и повернулся к Бонапарту. Тот же не преминул воспользоваться такой ситуацией и для достижения всеобщего мира даже был готов согласиться на создание Польши под скипетром царя или одного из его сыновей. Этого уже принять Костюшко не смог и в 1800 году вместе со своим ближайшим окружением издал брошюру под названием «Могут ли поляки добиться независимости?».