Никто не верил в постоянный мир, хотя он и был таковым провозглашен. Поэтому легионы продолжали существовать в неопределенности. Однако родина стоила того, чтобы рискнуть, и к этому были готовы несколько сотен польских офицеров и тысячи солдат.
Чувствительный удар по легионам нанесла экспедиция Бонапарта в Египет в мае 1798 года. Запертый там с большой армией в результате разгрома в августе англичанами французского флота под Абукиром, он перестал оказывать большое влияние на территорию Европы своим военным гением, и враги Франции вздохнули с облегчением.
В России после смерти Екатерины II с 17 ноября 1796 года воцарился Павел I. Бросаясь из одной крайности в другую, он начал со сближения через Пруссию с Францией. Однако, испугавшись похода Бонапарта в Египет, нанесшего удар по влиянию России на Востоке, Павел I пошел на союз с Австрией и заключил с ней в сентябре 1798 года Конвенцию, породив тем самым вторую коалицию против Франции. Когда же Австрия в марте 1799 года снова начала войну с Францией, он послал ей на помощь сильную армию под командованием Суворова.
Бонапарт отсутствовал, и тогда в победных сражениях при Треббии в июне и при Нови в августе объединенные русско-австрийские войска разгромили французов, а также помогавших им итальянцев и поляков, очистив от них Италию. Тем не менее на полях сражений этой проигранной кампании польские легионы покрыли себя неувядаемой славой. Один из них, посланный для защиты Римской республики>19 от короля Неаполя Фердинанда IV, даже временно занял Рим. Он храбро сражался на стороне французской армии, а затем вернулся на север для подготовки большой переправы.
Легионы принимали участие во всех кровопролитных битвах, отличаясь высокой дисциплинированностью и мужеством, а также блестящими военными талантами своих командиров. Однако на полях сражений их численность таяла. Так, один батальон, запертый в городе Мантуя в результате его капитуляции 30 июля 1799 года, попал в руки австрийцев, жестоко расправившихся с галицкими дезертирами. Остатки легионов укрылись в Генуе вместе с французской армией и стали ее защищать. Обескровленные и разбитые, они требовали полной реорганизации, что и предпринял Домбровский, с большим трудом получивший на это средства в феврале 1800 года.
Тем временем военная удача переменилась. Между русскими и австрийскими войсками возникли трения, и Суворов, оставив завершение войны в Италии Австрии, направился в Швейцарию с тем, чтобы, объединившись с находившимся там генералом Римским-Корсаковым, вторгнуться во Францию. Однако он опоздал, так как в сентябре 1799 года Римский-Корсаков был разбит генералом Массена под Цюрихом. Вследствие этого Суворов оказался в трудном положении и уже в октябре начал отвод войск в Россию.
Австрийцы в Италии остались в одиночестве, но еще были хозяевами положения. Однако в том же месяце Бонапарт внезапно вернулся из Египта и 9 ноября 1799 года совершил государственный переворот. Отстранив от власти Директорию и взяв бразды правления в свои руки в качестве первого консула французского правительства, он, как некогда Ганнибал, перевалил через Альпы и в июне 1800 года наголову разбил австрийские войска в битве при Маренго, а затем занял всю Италию.
Только что реорганизованным легионам Домбровского не довелось участвовать в сражении при Маренго. Однако, когда другая французская армия под командованием генерала Моро направилась в Германию для войны с Австрией, французское правительство придало ей получивший название «наддунайский»>20 польский легион под командованием генерала Кароля Отто Княжевича. Уже 3 декабря этот легион принял участие в крупном сражении возле местечка Хоэнлинден неподалеку от Мюнхена, отличившись атакой на тылы австрийских войск.