Патриарх прибегнул к посредничеству царя Иоанна. Петр повелел библиотеку привести в порядок и отдал ее, сделав ей опись, на хранение Зотову, за царской печатью.
Стрельцы между тем продолжали своевольничать. Они самовольно схватили стольника Аф.<анасия> Барсукова и солдатского полковника Мат.<вея> Кравкова, мучили их на правеже за мнимые долги, и домы их раззорили. Своего заслуженного полковника Янова, негодуя на его строгость, они с похода вытребовали в Москву и казнили. У Хованских с Милославским завязалась ссора. Милославский принужден был скрываться по своим деревням и оттоле посылать царям и правительнице доносы на Хованских, обвиняя их в потворстве стрельцам, у коих, говорил он, готовится новый бунт противу обоих царей, патриарха и ближних бояр. Он доносит, что Ф.<едор> Хованский, хвастая своею породою, происшедшей от королей польских Ягеллов, похваляется браком сочетаться с царевной Екатериной Алексеевной. Правительница поверила Милославскому. Государи укрылись в с.<ело> Коломенское. 1685 г. марта 2 найдено прибитое к дворцовым дверям письмо, в коем объявлено было намерение Хованских истребить весь царский дом и овладеть государством. Государи уехали в Саввин монастырь – послали оттуда грамоты в Москву и во все города, повелевая войску и палатным людям (и всякого звания) быть как можно скорее в село Воздвиженское, куда они и отправились. Всё сие сделано было в величайшей тайне. Хованскому послана была особая похвальная грамота, в коей повелевалось ему и сыну немедленно для нужных советов отправиться к государям (куда?). Феофан говорит, что Хованский не хотел прежде сего отлучиться от стрельцев, подозревая недоброжелательство двора. 17 сентября (в день св. Софии) боярин кн. Мих.<аил> Иван.<ович> Лыков схватил старого Хованского на дороге в селе Пушкине и сына его на реке Клязьме в его отчине – и привел обоих в оковах в село Воздвиженское, где, прочтя им указ, без всякого следствия, им и стрельцам Одинцову с товарищами отрубили головы.
Между тем оба царя прибыли в Троицкий монастырь. Туда собралось и множество войск изо всех городов (иные говорят до 30, а другие до 100.000). Дан указ боярину к.<нязю> Петру Семеновичу Урусову идти с замосковскими городовыми дворянами в Переяславль Залесский. Бояр.<ину> Алексею Сем.<еновичу> Шеину с коломенс.<кими>, рязанск.<ими>, путивл.<ьскими> и коширскими дворянами – в Коломну. Бояр.<ину князю Влад.<имиру> Дмит.<риевичу> Долгорукову с серпухов. скими, алексинск.<ими>, тарузск.<ими>, оболенск.<ими> и калужскими, – в Серпухов; а новгородскому дворянству послана похвальная грамота.
Сын Хованского, комнатный стольник царя Петра, прибежал в Москву и объявил стрельцам о казнях Воздвиженских; стрельцы взбунтовались. Они овладели царскою пушечною, ружейной и пороховой казною, укрепились в Москве, расставили всюду караулы и никого не стали пускать ни в город, ни вон из города. Они громко грозились пойти к Тр.<оице>. Известясь о том, двор укрепился в монастыре. В сие самое время, пишут летописцы, дана Петру отрава, от которой страдал он целую жизнь. Царевна не знала, что делать. По совету Голицына она думала употребить противу стрельцов поселенный в особой слободе (при царе Алексее Михайловиче) иностранный полк и послала офицеров оного в монастырь для получения о том указа от государей.
18 сентября из Троицы прибыл к патриарху стольник Зиновьев с грамотою о винах и казнях Хованских. Стрельцы потребовали, чтоб грамота была им прочтена и чуть было не убили Зиновьева – крича: пойдем к Троице и всех побьем. Услышав однако, что государи повелевают забрать и других князей Хованских, именно: двух Петров и Ивана, да спальников Федора и Ивана, дабы сняв с них боярство и дворянство, сослать– пришли в робость. И боярин Михайло Петр.<ович> Головин, прибывший из Тр.<оицы> для принятия Москвы в свое ведение – успел их укротить. Патриарх по просьбе их за них заступился. Им прислано было повеление выдать зачинщиков бунта. Они их перехватали и сверх того отрядили из всех полков десятого на казнь. Выборные шли, двое неся плаху, а третий топор. Милославский остановил следствие и суд. Государи простили виновников. Хованского привели в монастырь. Он сослан был в Сибирь, и 30 человек казнены.