Такая же политика проводилась в отношении бывших колоний Новгорода и его соседей. Летом 1489 г. отряд под командованием Даниила Щени подавил сопротивление непокорной Вятки. И вскоре из Хлынова (столицы Вятского края) большую группу купцов переселили в Дмитров. В 1510 г. наступил черед Пскова, откуда по повелению князя Василия III в Москву были переселены 300 боярских и купеческих семей. В 1514 г. туда же была переселена группа богатых смоленских купцов. «Обмен лучших людей» произошел после присоединения к Москве Твери, когда ряд крупных купцов был вывезен в Москву. В свою очередь в Тверь прибыли «веденцы» из Москвы.

На конфискованных новгородских, псковских, тверских и других землях поселялись московские служилые люди. Так в России появилась новая форма землевладения – поместье, т.е. временное владение, полученное за службу. При этом, если сын наследовал должность отца, то и земля переходила к нему. Размеры поместий не устанавливались. Однако отсутствие четких юридических гарантий наследования поместий делало их развитие экономически не выгодным. Поэтому расширение поместного землевладения в отличие от вотчинного не способствовало экономическому подъему России.

Проводимая московскими князьями политика ослабила новгородское и псковское купечество как реальную политическую силу, лишила его части привилегий, нарушила преемственность семейных торговых капиталов. Так, в Новгороде после его присоединения к Москве был ликвидирован торговый суд, собиравшийся у храма Иоанна Предтечи, были отменены прежние вечевые традиции (выборность органов власти), и даже торговые ряды после пожара 1508 г. были перестроены по московскому образцу.

Однако наряду с жесткими и крайне непопулярными в купеческой среде мерами Иван III немало сделал для защиты торговых интересов Новгорода. Через три года после его окончательного присоединения к Москве от имени великокняжеского наместника был заключен новгородско-ливонский договор 1481 г., многие статьи которого регулировали условия торговли и пребывания русских купцов в городах Ливонии. При совершении сделок в Нарве прямо на реке (без выгрузки товаров на берег) новгородцы, торгующие с кораблей, освобождались от уплаты пошлины. Они получили право нанимать проводников из числа местных жителей, чтобы не сбиться с пути. Новых уступок удалось добиться Руси и в договоре с Ганзой, подписанном в Новгороде в 1487 г. Ганзейская сторона, в частности, была вынуждена взять на себя ответственность за ограбление новгородских купцов на Балтийском море. Позже московским властям удалось добиться от нее дополнительных уступок. Так, за считанные годы Москва лишила Ганзу значительных привилегий в торговле, чего безуспешно добивался Новгород в течение многих десятилетий.

В 1494 г. наместником Ивана III в Новгороде были ликвидированы последние привилегии ганзейцев, касавшиеся торговли воском и мехами. В том же году в Новгороде был закрыт Немецкий двор, где подверглись аресту 49 ганзейских купцов с конфискацией их товаров на сумму 96 тыс. марок. Причину этих решительных действий надо видеть в стремлении единого Русского государства проводить активную внешнюю политику на Западе и утвердиться на берегах Балтийского моря. Неудивительно, что эти шаги были предприняты после основания в 1492 г. Ивангорода – нового центра внешней торговли России.

Но и в XVI в. Новгород оставался крупнейшим рынком России. При этом его внешняя торговля стала осуществляться в рамках единого государства, подчиняясь экономическим интересам страны в целом. Число лавок в Новгороде к концу XVI в. увеличилось с 700 в начале XVI в. до 850. По количеству лавок Новгород уступал только Пскову (1250) и Москве (1368 только в Китай-городе). Однако к концу XVI в. – в результате поражения России в Ливонской войне и потери выхода в Балтийское море, а также повторного разорения города опричниками царя Ивана IV – Новгород окончательно теряет свое экономическое значение.