Однако в 1409 году на сцене появился новый персонаж и стал угрожать владениям Сулеймана. Его младший брат принц Муса был отпущен Тамерланом в 1403 году под опеку эмира Гермияна, который, в свою очередь, перепоручил его Мехмеду. Нападение на Сулеймана произошло с абсолютно неожиданной стороны: Муса приплыл в Валахию из порта Синоп на севере Малой Азии, где обрел плацдарм, женившись на дочери валашского воеводы Мирчи. Мирча перенес на Сулеймана свою ненависть к Баязиду и полагал, что встать на сторону Мусы послужит его выгоде. Военная кампания Мусы в Румелии не обошлась без неудач, но к маю 1410 года он занял столицу Сулеймана в Эдирне и достиг Гелиболу, вынудив Сулеймана с некоторой поспешностью уйти из Малой Азии. Император Мануил видел в борьбе за наследство свое спасение и старался продлить ее: он вернул себе контроль над путями между Малой Азией и Румелией в результате соглашения 1403 года и помогал Сулейману переправляться через Босфор. Но вскоре Сулейман был казнен по приказу Мусы близ Эдирне, будучи пьяным, если верить анонимному летописцу, и поле битвы осталось за Мехмедом и Мусой.

Таким образом принц Муса унаследовал владения своего брата Сулеймана и в Румелии, и в Малой Азии и с трудом управлял ими последующие два года. Сын Сулеймана Орхан нашел убежище в Константинополе, и, опасаясь, что тот может стать центром заговора против него, Муса осадил Константинополь осенью 1411 года, но безрезультатно. Постепенно советники и командиры покидали его, а брат, принц Мехмед, с помощью Мануила переправился через Босфор и встретился с Мусой в битве около Чаталджи во Фракии, затем Мехмед вернулся в Малую Азию. Хотя Муса победил, его земли в Румелии оказались захвачены войсками его бывшего союзника Стефана Лазаревича, который поплатился за это на следующий год, когда Муса отомстил, напав на несколько сербских крепостей. В 1413 году Орхан высадился в Фессалониках, возможно, при содействии императора Мануила, который надеялся отвлечь Мусу от Сербии. Муса сумел пленить Орхана, но по каким-то причинам отпустил его и не смог снова захватить Фессалоники.

Соседние государства считали принца Мусу, имеющего поддержку Валахии, большей угрозой, чем принца Мехмеда. Стефан Лазаревич предложил Мехмеду присоединиться к нему в совместном походе против Мусы; Мануил тоже принял сторону Мехмеда, предоставив суда для перевозки его людей в Румелию еще раз и снабдив его войска продовольствием. К тому времени, когда две армии встретились к югу от Софии, армия Мехмеда включала воинов из эмирата Дулкадир в юго-восточной Малой Азии, благодаря женитьбе Мехмеда на дочери эмира, византийские войска, предоставленные императором, сербские, боснийские и венгерские войска под командованием Стефана Лазаревича, войска из Айдына, чья приверженность Мусе была тверда еще накануне битвы, и войска Румелии под командованием пограничного властелина гази Эвренос-бея. Армия Мусы атаковала решительно, но в конечном счете была обращена в бегство. Он упал при столкновении лошадей и был убит одним из командиров Мехмеда.

Со смертью принца Мусы в 1413 году гражданская война, судя по всему, закончилась, спор решился в пользу принца Мехмеда, с этого времени известного как султан Мехмед I. Первой заботой султана Мехмеда стало завоевание лояльности различных малоазийских эмиратов, которые поддерживали его в военном отношении, но не хотели отказываться от независимости, обретенной ими вновь после победы Тамерлана при Анкаре в 1402 году. Особенно решительное сопротивление Мехмед встретил со стороны Карамана, а также Джунейда, эмира Айдына; крепость Джунейда в конечном счете была взята с помощью союзников, включавших генуэзцев Хиоса, Лесбоса, Фочи (Фокайи) и рыцарей-госпитальеров с острова Родос. Джунейд был назначен правителем Никополя на Дунае, места победы султана Баязида над крестоносцами в 1396 году. Назначение бывших мятежников на государственные посты было лейтмотивом административной практики османов уже в те далекие времена. Османы полагали более благоразумным располагать к себе побежденных местных властителей, а позднее и слишком независимых государственных подданных, с помощью доли в правительственном вознаграждении, чем убивать их, рискуя спровоцировать дальнейшие волнения среди их сторонников.