В каждый пограничный район входило до трех-четырех подрайонов, последние делились на три дистанции, от них выставлялись заставы и посты. Охрана границы осуществлялась несением разведывательной и сторожевой службы. При этом разведка носила оперативно-тактический характер и велась соответствующими службами районов, подрайонов и дистанций.

Однако такая организация оказалась явно несовершенной. В этой связи 31 июля 1918 г. Военный совет пограничной охраны обратился в ВЧК с просьбой создать специальные чекистские органы для наведения порядка в приграничной полосе и вскоре по указанию Ф.Э.Дзержинского были созданы три окружные пограничные ЧК (Петроградская, Смоленская и Курская), 34 участковые пограничные ЧК (Себежская, Витебская, Оршанская, Могилевская, Рогачевская и др.), а при ВЧК образован пограничный подотдел.

Распоряжением Реввоенсовета Республики от 1 февраля 1919 г. пограничная охрана была преобразована в пограничные войска, пограничные округа – в пограничные дивизии, районы – в пограничные стрелковые полки, подрайоны – в стрелковые батальоны, дистанции – в стрелковые роты.

В этот период комплектование пограничных частей и подразделений осуществлялось путем набора добровольцев. На 1 января 1918 г. в погранохране насчитывалось до 9,5 тысяч человек, на 25 февраля 1919 г. – до 14,5 тысяч.

Борьба с агентурой империалистических разведок, многочисленными вооруженными бандами, защита экономических и политических интересов Советской республики и выполнение других задач, возложенных на пограничные войска, требовали хорошо поставленной агентурной разведки, сочетания в охране границы войсковых и оперативных усилий. В практическом решении этих задач важную роль сыграла состоявшаяся в ноябре 1918 г. конференция военных комиссаров пограничных ЧК, на которой широко обсуждались вопросы организации агентурной работы в частях. Конференция определила роль и место агентурной работы в общей системе мероприятий по охране государственной границы, приняла решение разработать инструкцию по ведению агентурной разведки и рекомендовала основные усилия в этой работе сосредоточить на участке полка (района). В утвержденной 28 декабря 1918 г. Советом пограничной охраны «Инструкции о ведении секретной агентуры в частях пограничных войск», излагались основные задачи агентурной разведки, порядок ее организации и ведения. В инструкции указывалось, что только при правильной постановке агентурно-оперативной работы возможны успешная борьба с контрабандным промыслом и правильное использование сил и средств пограничной охраны. Данная инструкция явилась первым нормативным правовым документом, регламентирующим оперативную работу советских пограничных войск. Таким образом, уже в период создания пограничной охраны принимались все меры к тому, чтобы сочетать агентурно-оперативную работу с войсковой охраной и четко координировать действия пограничных войск и органов ВЧК.

Во время гражданской войны охрана границы, где боевые действия не велись, продолжала осуществляться на основании директив, инструкций и приказов ГУПО. Там, где военные действия начинались, части пограничных войск поступали в распоряжение военного командования. После окончания гражданской войны, по решению Совета Труда и Обороны (СТО) от 14 июля 1920 г. при Наркомате внешней торговли было учреждено Центральное управление пограничного надзора. В его распоряжение из состава РККА были выделены воинские части для несения пограничной службы. В Беларуси к несении пограничной службы приступила 40-я Богучарская дивизия, подразделения которой стали основой для сформированный впоследствии пограничных отрядов.