В июне следующего года ситуация повторяется. На заседании дирекции ИВНД (протокол заседания от 30.06.1931 №22) отмечается, что «имеются некоторые прорывы», но некоторая часть плана работ отдела не выполнена314. Решением дирекции Ющенко обязывают «вовлечь Физиологический отдел в просмотр Физиологического раздела Академии наук», обеспечить участие отдела в организации Всесоюзного физиологического съезда

(А. А. Ющенко лично включен в бригаду по организации мероприятия315), привлечь отдел к проработке вопроса о состоянии нейрофизиологии в буржуазной науке, к проработке образовательных программ.

Одновременно серьезной критике подвергается уже не только физиологический отдел, но и сам А. А. Ющенко.

В июле 1931 г. в стенгазете ИВНД его обвиняют в «беспартийщине», то есть в отсутствии «борьбы за партийность» в физиологии и психоневрологии. Можно предположить, что правильный выход из этой ситуации Ющенко нашел благодаря опыту работы в Подольской губернской ЧК в 1919 г. Он пишет открытое письмо в редакцию журнала «За марксистско-ленинское естествознание» – основного органа Ассоциации институтов естествознания Комакадемии. Ющенко подвергает себя самокритике, граничащей, образно выражаясь, с самобичеванием.

«Большинство моих работ – это обычная узкая эмпирия», не содержащая «марксистско-ленинского осмысливания установок и выводов». Из-за отрыва «методологии естествознания от марксистско-ленинской методологии» не смог сделать качественного анализа «качественных различий в поведении человека от поведения животных, роли труда, социально-классовых отношений в поведении человека». Цитирует сам себя, чтобы указать на собственное «прямое замазывание реакционных установок и выводов Павлова»316. Кается в отсутствии настоящей работы над собой и материалом. Он фактически, отказывается от своей монографии «Условные рефлексы ребенка» (1928 г.), обвиняя себя при ее написании в механицизме, «меньшевиствующем идеализме», отсутствии борьбы за ленинский этап в науке, разрыве между теорией и практикой. Попутно отмечает (вновь выражаясь образно «сдает») «т. Фингерта», «меньшевиствующе-идеалистическое направление ошибок которого общеизвестно». Вина же Б. А. Фингерта (1890—1960) состоит в том, что он «просматривал и рекомендовал к изданию» вступительный раздел монографии. В конце концов, Ющенко обвиняет себя в «прямом укрывательстве контрреволюционной проповеди», переходе методологических ошибок в политические317.

Все же оставляя себе шанс, он говорит, что его работа может стать плодотворной, но только при преодолении «враждебных марксизму-ленинизму установок», при условии теоретического и экспериментального «преодоления узости метода условных рефлексов», при «ясном понимании и преодолении собственных методологических и политических ошибок» (отметим, что в публикациях 1932—1933 гг. Ющенко много внимания уделяет критике чуждых методологий и философий).

Редакция дают короткую рекомендацию ИВНД подвергнуть взгляды Ющенко «развернутой критике». Степень самоуничижения, видимо, обеспечила достижение цели; комментарий редакции носит характер формального, стандартного лаконичного ответа. На этом фоне, в этом же номере журнала опубликовано схожее письмо с самокритикой С. Генеса, оно совсем не экспрессивное и очень формальное; вовсе не похоже на «раскаяние» Ющенко. Ответ редакции на это письмо резко отрицательный, можно сказать гневный, содержит угрозу дать развернутую оценку «позиции т. Генеса в целом».318

Надо отметить, что А. А. Ющенко вполне эффективно владел навыками политического ораторства; это подтверждается, например, его речью на заседании Общества психоневрологов-материалистов