В этой ужасной войне, в которой, вероятно, погибло больше людей, чем в любом другом конфликте такой продолжительности (около трех лет), преимущества снова оказались на стороне монголов. Грубое насилие в Утраре, где был убит посол, позволило Чингисхану выглядеть не агрессором, а мстителем. Его новый враг оказался могущественным только внешне. Хорезмийское государство было свободной и непрочной структурой. Тюркский правящий класс был непопулярен, персидское население открыто презирало его. Армия набиралась из наемников, верность которых исчезала после первого же поражения. Люди были обложены тяжелыми налогами, верующих беспокоила ссора с халифом, а султан, тщеславный, легкомысленный и некомпетентный, не был ни государственным деятелем, ни солдатом. Он, конечно, страстно желал править, как великие сельджуки, самые значительные суверены ислама, но явно не годился для этой роли. Именно на его совести ужасные бедствия, обрушившиеся на городские центры Восточного Ирана. Холодный и намеренный геноцид, который практиковали монголы, не имевший равных в истории, за исключением разве что древних ассирийцев и современных нацистов, возможно, основывался на смешанных мотивах – военное преимущество и суеверные страхи. Монголы не привыкли воевать в густонаселенных землях. Хотя они уже приобрели немалый опыт в осадной войне, подавление укрепленных городов было делом дорогостоящим и трудоемким. Кочевники, привыкшие к бескрайним степным просторам, презирали обитателей городов, чувствовали себя несвободными в стенах. Терроризируя народ убийствами, они желали ускорить сдачу очередного города и покорение всего региона. Но и о своих материальных интересах они не забывали. Из тысяч беззащитных горожан, погибших от их рук, они предварительно выбирали полезных для себя людей – ремесленников, мастеровых, инженеров. Их монголы увозили с собой и заставляли работать. Хотя их стремление к разрушению было сильным, они, как правило, через некоторое время позволяли вновь отстраивать города. Ведь руины не приносят дохода, а процветающая торговля и производство – очевидные источники богатства.
Чингисхан готовился к новому конфликту, как всегда, хладнокровно. В конце 1219 года в верховьях Иртыша была собрана армия, в которую вошли уйгуры и карлуки, составлявшие вспомогательные войска монголов. Общая численность армии – около 200 тысяч человек. Хорезмийская армия была больше, но Мухаммед не верил в ее преданность и не желал вступать в открытые сражения. Вместо этого он распределил людей по гарнизонам крупных городов империи, считая, что монголы не умеют осаждать и захватывать крепости. Мусульмане, по утверждению Бартольда, демонстрировали героизм, однако дисциплина и организация были на стороне монголов. Противостояние началось с осады Утрара, возмутительной сцены, которая ускорила войну. Два сына Чингисхана, Чагатай и Угэдэй, руководили этой операцией. Другой отряд, под командованием Джучи, спустился вниз по Сырдарье, чтобы осадить Ходженд (Худжанд). А сам Чингисхан со своим младшим сыном Толуем отправились к Бухаре, самому богатому и густонаселенному городу Трансоксианы. Тюркский гарнизон предпринял попытку вырваться, горожане сдались (февраль 1220 года), город был разграблен, однако сожжение мечетей и дворцов могло быть ненамеренным, да и массовых убийств не было. Персидский историк Джувейни рассказывает, что Чингисхан поднялся на кафедру главной мечети и произнес политическую проповедь – предупреждение испуганной толпе. В ней он заявил, что является бичом Божьим, посланным, чтобы покарать их за грехи. Бартольд считает, что никакой проповеди в Бухаре не было, поскольку о ней не упоминает Ибн аль-Атир. Аргументы, основанные на отсутствии информации, всегда являются рискованными. История не представляется неправдоподобной.