Этот поворот был инициирован Эшенмайером и Якоби, осуществлен Баадером и первоначально происходил в формах богемного мистицизма или теософии. Шеллинг считает, что это форма эмпиризма и имеет то же содержание, что и рационализм, но что задача интеллекта – вести людей от непосредственного наблюдения к опосредованному знанию. Он относился к Якоби с откровенной нелояльностью; вместо того чтобы признать в 1812 году, что он вынужден был признать возражения Якоби против точки зрения его первого периода обоснованными и поэтому перешел к модифицированной точке зрения, призванной избежать этих ошибок, он отверг критику Якоби как необоснованную, поскольку она не соответствовала его нынешней точке зрения, которую Якоби еще даже не осознал. В Якоби его возмущали неодушевленность материи, недуховность природы, дихотомия между верой и знанием, неправильное использование слова «разум» для обозначения сверхъестественного, застревание в поверхностном рационализме эпохи Просвещения, но прежде всего – унитарный характер божественной личности. Поэтому он предпочитал придерживаться баадеровской доктрины Троицы, а также его учения о зле, идеальном первочеловеке и деградации природы, вызванной его грехопадением. Придя к совершенно противоположным с Кантом взглядам на пространство, время, категории и вещи сами по себе, он использует учение Канта о зле как обратную сторону правильного отношения между двумя противоположными влечениями, но превращает самолюбие (или инстинкт счастья) и моральный закон, противостоящие друг другу у Канта, под влиянием Баадера в стремление к откровению (или волю разума) и умеряющий идеальный принцип. В конце концов он отдает справедливость понятию субстанции у Спинозы и признает его высшим и конечным понятием, которое все еще стоит над причиной, хотя он все еще придерживается своего ложного понятия субстанции (как субстрата). Под конец жизни он ищет контакт с Аристотелем и пытается насильственным и искусственным образом переиначить свои четыре принципа так, чтобы они совпадали с четырьмя причинами Аристотеля; хотя он тем самым искажает свою собственную доктрину, ему это, тем не менее, полностью не удается.

Шеллинг еще более несправедлив по отношению к Гегелю, чем к Спинозе, поскольку не признает заслуг систематического проведения в жизнь своей точки зрения. Но он был горько против Гегеля, потому что видел, что мир дал ему признание, которого он тщетно жаждал для своей точки зрения, опередившей гегелевскую. Его критика гегелевской точки зрения еще более несправедлива, чем критика Спинозы. Его критика гегелевской точки зрения навсегда осталась поучительной; даже если он доказал, что Гегель в чем-то ошибался, в главном он был прав. Например, он ошибается, обвиняя Гегеля в том, что тот подменил абстрактное понятие конкретным (интеллектуальным) представлением и использовал метод, изобретенный Шеллингом. Ведь гегелевское понятие – это совершенно то же самое, что Шеллинг называет идеей, бесконечным или вечным понятием, единством общего и особенного, а гегелевская диалектика, включающая противоречие в качестве непременного условия истины, – это нечто совершенно иное, чем шеллингианская диалектика, которая продолжает видеть в нем свойство неистины. С другой стороны, он прав, когда обвиняет гегелевский панлогизм в догматизме разума, который закрывает глаза на неразумное в мире и не может объяснить случайное и реальное, и в том, что отказ от идеи в пользу реальности выходит за рамки панлогизма. Шеллинг справедливо называет гегелевское самодвижение понятия двойным обманом, поскольку это движение исходит не от самого понятия, а, с одной стороны, от жизненной силы мыслящего субъекта, а с другой – от цели, к которой он хочет привести движение мысли. – Разум не имеет прерогативы над неразумом, когда речь идет просто о бытии. Его единственная кажущаяся привилегия состоит в том, что его бытие является необходимым условием для возможности науки в смысле аподиктически определенного знания; но это опять-таки простой догматизм, что такое знание должно быть. Даже если, с одной стороны, во всем можно найти нечто рациональное, с другой стороны, во всем остается иррациональный остаток, который не может быть полностью растворен в разуме, непостижимая основа реальности, к которой от разума не ведет никакой мост. Свободе и случайности нет места в разуме; без свободы и случайности, однако, нельзя найти переход к реальности из разума. Идея должна сначала нарушить свою чистую разумность и отпасть от себя, чтобы отпустить себя природе и отречься от себя; ведь в таком решении нет ничего рационально необходимого, оно может только казаться свободным.