Атомизм – это прежде всего дуализм существующего вещества и несуществующего пустого пространства; внутри существующего, однако, это онтологический плюрализм, и его многочисленные атомы имеют точно такие же детерминации, как если бы они были разрозненными фрагментами элеатического Единого. Возможность реального процесса и реальной множественности, таким образом, сохраняется, но натуралистический базовый характер элеатского Единого и гераклитовского процесса односторонне отметается за счет духовности и рациональности и низводится до материализма. Этот материализм произвольно различает неодушевленные атомы тела и одушевленные атомы души, через обитание которых тела одушевляются лишь косвенно; по отношению к первым он является чистым, по отношению ко вторым – гилозоистическим материализмом. Тем не менее, предполагается, что атомы тела и души различаются не качественно, а лишь количественно (размер, форма и т. д.), причем атомы души должны быть меньше и проще по форме, чем сходные с ними атомы тела. Объяснение движением основано исключительно на передаче движения при столкновении соприкасающихся атомов, при котором они, очевидно, должны предполагаться упругими; однако упругость немыслима в случае бесчастичных, равномерно заполненных атомов материи. Именно здесь терпит неудачу вся кинетическая атомистика, полагающая, что она может обойтись без сил. Тот факт, что кинетическая атомистика древних была неспособна объяснить возникновение процесса из-за предположения о параллельных направлениях падения (несмотря на ложное предположение о различных скоростях падения в пустом пространстве), не мог остаться скрытым даже от глаз современников. Поэтому Аристотель выбрал лучшую часть этого атомизма, прибегнув к концепции качественного изменения элементов.

Когда Анаксагор (500—428) писал свой трактат о природе, он был знаком не только с учением Эмпедокла, но и с атомизмом Лейциппа и соглашался с обоими в том, что материальные субстраты вечны и качественно неизменны, то есть что все творение и все изменения основаны исключительно на смешении и разделении основных веществ. Вместе с Лейциппом против Эмпедокла он допускает бесконечное число (а не только четыре) различных материальных составляющих; вместе с Эмпедоклом против Лейциппа он ищет различие конечных первичных субстанций в их качественной природе (а не только в количественной) и придерживается их бесконечной делимости. Вместе с Анаксимандром и Эмпедоклом он предполагает хаотическое первобытное состояние, то есть такое, в котором все первоматерии тесно перемешаны, и ищет мировой процесс в постепенном разделении разнородного и объединении однородного, при этом, с одной стороны, как и у Эмпедокла, остается неразделенный остаток, а с другой – материальная однородность ни в одной вещи не является полной. Напротив, в каждой вещи, несмотря на преобладание одной или нескольких конкретных первичных субстанций, все же присутствуют следы всех бесконечно многих первичных субстанций. Следует признать, что эти сходные элементарные первичные субстанции Анаксагора (названные им χρήματα, σπέρματα или ίδέαι, т. е. вещи, семена или идеи, позднее – другими гомеомериями) ближе к современным химическим элементам, чем к четырем элементам Эмпдокла.

Во всех этих определениях Анаксагор остается чистым физиком, как и в более подробной реализации своей космогонии, который не пытается ничего иного, кроме физических объяснений в соответствии с механическими принципами, даже если он отклоняется от своих предшественников в некоторых пунктах своих физических гипотез. Но не в этом заключается его влияние на дальнейшее развитие философии, а в установлении метафизического принципа наряду с физическим, и оно не уменьшается от того, что он сам еще не знает, как правильно использовать этот принцип, а фактически ограничивает его применение первоначальным импульсом для начала физического процесса разделения. Такой второй принцип в дополнение к субстанции кажется ему необходимым для того, чтобы придать частицам материи движение, которое они не могут получить сами от себя. То, что он определяет движущую причину как разумный дух (νούς), оправдано тем, что движение, порождающее такое прекрасное и целеустремленное целое, как мир, должно быть представлено как упорядоченное.