Однако в составе поволжских ханств количество казаков быстро падало и в непродолжительном времени совершенно исчезло. Происходило перемещение не только казачьих войсковых организаций, но и русского населения, составлявшего основную рабочую силу во владениях монгол. При образовании независимого казанского ханства – в Казани были казачьи войска, но в скором времени историками присутствие их уже не упоминается, и наоборот, в походах московских войск под Казань все время сообщается о наличии казачьих отрядов в составе московских войск. Казаки, находясь в составе татарских или монгольских войск, сохраняли свой родной язык, но они все говорили и на языке государственном, т. е. татаро-монгольском. Появившись в пределах Москвы со своими ханами, они также говорили на государственном языке, что производило в населении представление, что Москва наполнилась татарами и слышна только татарская речь. В числе татарских вельмож на службу князя Василия перешли и сыновья хана казанской орды, Улу-Махмета. К этому трагическому времени для Москвы в летописных сведениях появляются сообщения о городских и московских казачьих войсках и первые официальные московские сведения о действиях казачьих войск на границах Мещерского и Рязанского княжеств против напавших на владения этих княжеств – татар. По записям «Иноземного Приказа» в 1444 году, еще раньше похода князя Василия против Казани и его пленения, казаки отражали нашествие царевича Золотой Орды, вторгшегося в пределы Рязанского княжества. «Стояла зима, и выпал глубокий снег. Казаки выступили против татар на “артах”, по объяснению историков, видимо, на легких санях». Нападение царевича было отражено, с этого времени сведения о деятельности донских казаков в составе московских войск не прекращаются. Москва была еще бессильна в борьбе с окружающими ее татарскими ордами. К тому времени в русских хрониках название «монголы» исчезло и все орды, образовавшиеся на месте Золотой Орды, стали называться «татары». Однако Москва, получив возможность формирования собственных вооруженных сил, постепенно крепла и создавала возможности противодействия врагам, ее окружавшим. Основу ее сил составляла уже «не посошная» армия, собираемая на случай войны, а создавались кадры «постоянных служилых войск», для формирования которых служили казачьи войска и «боярские дети».

Пленение московского князя Василия имело еще более тяжелые для него последствия по возвращении его в Москву. Двоюродный его брат, Шемяка, стал обвинять его в том, что «навел на Москву татар». «Чему еси татар привел на русскую землю и города им дал еси, волости надавал еси на кормление; татар и речь их любишь паче меры, а крестьян томишь паче меры без милости, а злато и серебро и имение даешь татарам…».

Димитрий Шемяка заманил князя Василия на богомолье в Троицко-Сергиевский монастырь, схватил и приказал его ослепить, после чего сослал его в Углич, а сам занял московский трон. Однако удержать власть московского князя не мог, так как, по сведениям летописца, князь Василий был поддержан москвичами и духовенством. Борьба за княжеский стол между русскими князьями велась всегда при помощи вооруженных сил, которые в прошлом они получали от ханов, теперь в их борьбе служили собственные силы. Димитрий Шемяка принадлежал к роду северо-галицких князей, сильного удельного княжества, располагавшего значительными вооруженными силами. Москвичи и духовенство не могли его принудить отказаться добровольно от Московского княжества.

Решающей силой против Шемяки были татарский отряд черкес с татарскими царевичами Касимом и Егуном, помогавшими Василию Васильевичу за его хлеб и прежнее добро. Шемяка выступил против этих войск к Волоку, но войска его потерпели поражение, и он должен был бежать не в свое княжество, а в Новгород. Василий Темный был привезен в Москву и посажен на московский престол послом ханским «у Пречистыя Золотых Ворот».