Для управления областями назначались царем известные лица, по одному или по два в каждую область, которые должны были во всех делах обращаться к управляющему той чети, в которой числилась известная область. Наместник отправлялся в назначенную ему область с одним или двумя дьяками, которые заведовали всеми приказными делами по управлении областью. Областные правители и дьяки назначались по царскому указу и через год обыкновенно сменялись».

Непосредственно управление страной с конца XV в. осуществляли дьяки (с греч. – служитель церкви). С середины XVI в. «избы-канцелярии» были преобразованы в постоянно действующие государственные учреждения – приказы. Самым старым приказом, впервые упоминаемым в 1512 г., был Казенный приказ, возглавляемый казначеем (печатником) – хранителем «большой государственной печати». Казенный приказ ведал дипломатическими отношениями государства, поместными, ямскими и холопьими делами. В начале XVI в. у казначея появились помощники – поместный, ямской и посольский дьяки.

В Боярской думе была создана Посольская изба. Позднее, с увеличением объема работ, были образованы Поместный, Ямской и Холопий приказы. В 1533 г. начал работать Приказ большого прихода, ведавший сбором налогов и таможенных пошлин. В 1549 г. Посольская изба была преобразована в Посольский приказ.

Территория государства разрасталась, возникали новые потребности, и царь распределял по приказам новые дела так, как ему казалось удобным в данный момент: приказы разъединяли и соединяли, создавали для новых задач новые приказы или поручали их выполнение какому-нибудь старому приказу.

Так как приказы появлялись постепенно, по мере надобности, с усложнением административных задач, распределение правительственных дел между ними было чрезвычайно запутанным. Одни приказы занимались государственными делами на всей территории, другие – только в отдельных областях, третьи – управляли отдельными отраслями дворцового хозяйства, четвертые – небольшими отдельными предприятиями.

По подсчетам В. О. Ключевского, было до 15 приказов по военному управлению, не менее 10 – по государственному хозяйству, до 13 – по дворцовому ведомству и 12 приказов «в сфере внутреннего благоустройства и благочиния».

Важнейшими приказами общегосударственного значения были следующие: Посольский приказ, ведавший внешними сношениями; Поместный приказ, занимавшийся служилым землевладением; Разрядный приказ, ведавший военным делом и назначением командного состава; Разбойный приказ, расследовавший важнейшие уголовные дела по всему государству. Действовали несколько судных приказов, а также – Приказы большой казны и Приказ большого прихода. Важнейшими территориальными приказами считались Малороссийский, Сибирский и дворцы – Казанский, Новгородский, Тверской.

Практическая деятельность по управлению территориями распределяется между четями – областными приказами, причем территория каждой чети слагалась из совокупности отдельных населенных пунктов, разбросанных по разным областям государства. Ведомство четей было по преимуществу финансовым учреждением.

Начальниками (судьями) главнейших приказов были обычно бояре и думные люди. С ними в приказах сидели дьяки (секретари) и подьячие (писцы). Второстепенными приказами управляли дворяне с дьяками или одни дьяки.

Главными деятелями приказного управления являлись, конечно, дьяки, так как аристократические начальники приказов едва ли могли разбираться в том огромном количестве дел, которыми были завалены все приказы.

Со всех концов Московского государства в приказы стекались отписки городовых приказных людей. Их привозили или нарочные гонцы, если дело было важное, или случайные попутчики. Подьячие, принимая отписки и другие документы, клали их на стол перед судьей и дьяками. Дьяк читал отписку с судьей, поговорив с ним, делал на ней резолюцию (помету) и раздавал отписки подьячим по столам.