В теоретической части системы выделяются три эпохи в истории самосознания. Первая идет от первоначального восприятия (т.е. бессознательного восприятия абсолютного субъекта) к завершению продуктивного восприятия и включает в себя те действия, которые имеют место в натурфилософии как конструирование материи в соответствии с тремя модусами магнетизма, электричества и химического процесса. Второй идет от продуктивного восприятия к рефлексии. В него попадает продуктивный тон органической природы, и он завершается тем, что интеллект производит организм (конечно, бессознательно), в который втягивается весь его мир, который непосредственно тождествен ему и который, полностью теряя себя в нем, т.е. не приходя еще к созерцанию самого себя, он рассматривает как полностью тождественный себе. На этом круг производства интеллекта завершается. Следующей серией действий он полностью отрывается от производства и, таким образом, приходит к представлению о себе как об активном производстве или, что то же самое, к осознанию того, что он до сих пор производил. Этот ряд действий составляет третью эпоху, которой Шеллинг дал название: Bon der Reflexion bis zum absoluten Willensakt. Как интеллект может прийти к точке зрения рефлексии, т.е. начать эту серию действий, не может быть объяснено в теоретической философии. Ее задача должна состоять лишь в том, чтобы показать, что будет в интеллекте при борном предположении, что возвышение до позиции рефлексии возможно и действительно имеет место.

Для того чтобы прийти к самому себе, обнаруживает Шеллинг, работая над этой задачей, интеллект должен отделить свое действие как таковое от того, что возникает для него в этом действии, – продукта или объекта. Такое отделение в просторечии называется абстракцией. Таким образом, первым условием рефлексии является абстрагирование. То, что возникает у нас, когда мы отделяем действие как таковое от того, что возникло, называется понятием. Таким образом, абстракция – это отделение понятия от его объекта. Это отделение происходит через суждение, которое опосредовано схематизмом. Однако следует различать эмпирическую и трансцендентальную абстракцию и, соответственно, эмпирический и трансцендентальный схематизм. Эмпирическая абстракция – это отделение конкретного действия от его конкретного продукта или отделение конкретного понятия от его конкретного объекта.

С другой стороны, трансцендентальная – это отделение способа действия, посредством которого возникает продукт вообще, от продукта вообще, или отделение понятия вообще от объекта вообще. Способы действия интеллекта, которые отделяются трансцендентальной абстракцией, являются категориями или понятиями a priori; трансцендентальная способность к абстракции есть, следовательно, способность к понятиям» priori, которая так же необходима каждому интеллекту, как и самосознание.

Через трансцендентальную абстракцию эмпирическое и его результат, эмпирические понятия и суждения, поднимаются до сознания, в то время как их собственные результаты, понятия» priori», остаются бессознательными. До этого момента до сознания эмпирической абстракции и того, что из нее вытекает, доходит обыденное сознание. То, что трансцендентальная абстракция, через которую постулируется все, что происходит в эмпирическом сознании, сама снова приходит в сознание, не является необходимым и поэтому не принадлежит к обыденному сознанию. Там, где трансцендентальная абстракция достигает сознания, это может произойти только случайно. Поэтому акт, посредством которого она поднимается до сознания, может быть только таким, который не вытекает ни из какого другого акта в самом интеллекте, т.е. абсолютным актом для самого интеллекта. «Но так как это действие, являющееся абсолютной абстракцией, именно потому, что оно абсолютно, уже не объяснимо ни из какого другого в интеллекте, то цепь теоретической философии здесь обрывается, и по отношению к ней остается только абсолютное требование: такое-то действие должно произойти в интеллекте, но именно этим теоретическая философия переступает свой предел и переходит в область практической философии, которая одна предъявляет категорические требования». Теоретическая философия, гипотетически предположив, что такое действие есть в интеллекте, должна лишь ответить на вопрос, как интеллект будет находить себя и мир объектов в соответствии с ним. Ответ состоит в том, что интеллект своим абсолютным действием возвышается над всем объективным, не исчезая при этом для него. Он осознает себя ограниченным объективным миром». Здесь, таким образом, объективный мир и интеллект в самом сознании впервые сталкиваются друг с другом, подобно тому как мы находим его в сознании через первую философскую абстракцию. Интеллект теперь способен образовать трансцендентальную абстракцию, но это происходит уже через свободу, причем в определенном направлении свободы. Это объясняет, почему понятия a priori возникают не в каждом сознании и почему они не всегда и не обязательно возникают в любом сознании. Они могут возникнуть, но не обязательно должны возникнуть». -Практическая философия не обязательно должна быть использована для объяснения происхождения сознания вообще. Только абсолютный абстрактный тон, посредством которого «я» возвышается над всеми объектами, предполагается как действие, которое не может быть объяснено никаким другим действием интеллекта, а обычное сознание предполагается существующим до абсолютного абстрактного тона. Но это не согласуется с началом построения третьей эпохи. Ведь там говорилось, что в теоретической философии невозможно объяснить, как Я может достичь точки рефлексии, то есть как оно вообще может вступить в эпоху, которая должна найти свое завершение в абсолютной абстракции. Точно так же начало практической философии не совпадает с концом теоретической философии, поскольку здесь абсолютная абстракция описывается не как начало более высокого уровня сознания, а сознания вообще.