Методологической платформой экономического исследования Ф. Кенэ стала разработанная им концепция о естественном порядке, юридической основой которой, на его взгляд, являются физические и моральные законы государства, охраняющие частную собственность, частные интересы и обеспечивающие воспроизводство и правильное распределение благ. Как утверждает ученый, частный интерес одного никогда не может быть отделен от общего интереса всех, а это бывает при господстве свободы. Мир идет тогда сам собой. Поэтому, по его мысли, желание наслаждаться сообщает обществу движение, которое становится постоянной тенденцией к возможно лучшему состоянию.

Одновременно Ф. Кенэ предупреждает, что верховная власть не должна быть аристократической или предоставленной крупным земельным собственникам; последние, соединившись вместе, могли бы образовать власть более могущественную, чем сами законы, поработить нацию, причинить своими честолюбивыми и жестокими распрями разорение, неустройства, несправедливости, наиболее зверские насилия и создать самую разнузданную анархию. Он считал целесообразным сосредоточить высшую государственную власть в одном просвещенном лице, обладающем знанием законов – естественного порядка, – необходимых для осуществления государственного руководства.

Оценивая методологию исследования Ф. Кенэ и его последователей, Н. Кондратьев отмечал, что физиократы не провели методологической грани между чисто теоретическими и практическими (экономико-политическими) суждениями. Провозглашенная физиократами экономическая наука, по его мнению, изучает физические и моральные законы «наиболее совершенного строя», который вызывает у них вдохновение и энтузиазм, до известной степени сектантский характер всего их течения и мессионизм во взглядах на свою роль.

В теоретическом наследии Ф. Кенэ важное место занимает учение о чистом продукте, который сейчас называют национальным доходом. По его мнению, источниками чистого продукта являются земля и приложенный к ней труд людей, занятых в сельскохозяйственном производстве. А в промышленности и других отраслях экономики чистой прибавки к доходу не производится и происходит только смена первоначальной формы этого продукта. Рассуждая так, Ф. Кенэ не считал промышленность бесполезной. Он исходил из выдвинутого им же положения о производительной сущности различных социальных групп общества – классов. При этом Ф. Кенэ утверждал, что нация состоит из трех классов граждан: класса производительного, класса собственников и класса бесплодного; к производительному классу относил всех людей, занятых в сельском хозяйстве, включая крестьян и фермеров; к классу собственников – землевладельцев, включая короля и духовенство; к бесплодному классу – всех граждан вне земледелия, т. е. в промышленности, торговле и других отраслях сферы услуг.

Вместе с тем Ф. Кенэ отнюдь не тенденциозен, подразделяя общество на классы, поскольку, как он полагал, «трудолюбивые представители низших классов» вправе рассчитывать на работу с выгодой. Зажиточность возбуждает трудолюбие потому, что люди пользуются благосостоянием, которое оно доставляет, привыкают к удобствам жизни, к хорошей пище и одежде и боятся бедности и как следствие воспитывают своих детей в такой же привычке к труду и благосостоянию, а удача доставляет удовлетворение их родительским чувствам и самолюбию.