В результате административно-территориальной реформы исчезли последние автономные княжества, которые долгое время сохранялись на территории Беларуси – Кобринское, Клецкое, Слуцко-Копыльское. Вместе с тем хаос в административно-территориальном делении ВКЛ усиливался. В территории поветов и воеводств вклинивались королевщины, которыми через своих администраторов (экономов) управлял король (отсюда и название «королевские экономии», или королевщины). Последние были двух видов: староствы – государственные поместья, которые отдавались в пожизненное владение тому или другому феодалу (назывался старостой, отсюда и название «староство»), и столовые (дворцовые) поместья. В староствах крестьяне отбывали повинность в пользу старосты. Доходы от столовых (дворцовых) поместий шли в пользу короля.

Существовали также волости (небольшие сельские округи, в которых действовали органы местного сельского управления), войтовства (одна или несколько деревень, город с пригородными землями, небольшое королевское великокняжеское владение, на которые распространялась власть сельского войта), графства (наследственное феодальное владение во главе с графом), наместничества (территория, на которой осуществлялось местное управление во главе с наместником) и другие административно-территориальные единицы.

Главной административно-судебной властью и военачальником являлся воевода. Административные должности князь раздавал, как правило, княжеским семьям из своего окружения, чаще всего литовцам. Из 29 крупных феодальных родов в середине XVI в. 13 были литовскими (Олельковичи, Гольшанские, Радзивиллы, Чарторыйские, Сапеги и др.), 7 – белорусскими (Глебовичи, Валовичи, Тышкевичи, Друцкие, Масальские и др.), 5 – украинскими, 2 являлись потомками Рюриковичей в качестве местных князей и т. д.

Военная служба в Великом Княжестве Литовском была делом феодального сословия. Мелкая шляхта должна была лично присутствовать в войске, а те, кто имел поместья и подданных, поставляли также вооруженных воинов. Военная служба являлась почетной обязанностью шляхты, а занятия ремеслом и торговлей, как подчеркивалось в Статуте ВКЛ 1566 г., позорили ее. Шляхтич, занимавшийся ремеслом и торговлей, лишался шляхетских прав и достоинства.

В составе Речи Посполитой оба государства – Великое Княжество Литовское и Польская Корона – сохранили свои бывшие названия, свои правительства, законы (на территорию ВКЛ польское право не распространялось, там действовал Литовский Статут 1588 г.). Существовали самостоятельные судебные системы, органы местного самоуправления (администрации воеводств и поветов), финансовые системы, вооруженные силы, разные государственные языки (на территории ВКЛ до 1696 г. государственным языком был старобелорусский). Таким образом, ВКЛ и Польша сохранили свою относительную самостоятельность, автономию в составе Речи Посполитой.

При благоприятных обстоятельствах магнаты Великого Княжества Литовского добивались выхода из состава Речи Посполитой и достижения полной независимости. Статут ВКЛ 1588 г. фактически перечеркивал Люблинскую унию, ограничивал допуск в княжество польских панов, защищал суверенитет, самостоятельность государства. Януш Радзивилл возглавил заговор литовских магнатов, ставивших целью выход Великого Княжества Литовского из состава Речи Посполитой, в период борьбы украинского народа против польских панов под руководством Богдана Хмельницкого (1648–1654). Аналогичные попытки делались магнатами ВКЛ в период Северной войны 1700–1721 гг., а также во время трех разделов Речи Посполитой.