Между тем в восточной части своих бывших владений рыцарям позволили остаться, хотя в герцогстве Пруссия они стали вассалами польского короля, которому платили налоги. В 1520-х гг. с началом Реформации рыцари перешли в лютеранство, а государство стало светским под руководством бывшего Великого магистра Альбрехта, первого герцога Пруссии. Когда его внучка Анна вышла замуж за курфюрста Бранденбурга, возникла новая династия, которая со временем стала править двумя отдельными странами. В 1657 г. герцогство Пруссия перестало быть вассальным владением польского короля, но унаследованное от семейного союза Анны положение дел оказывало большое влияние на правителей Бранденбурга и Пруссии, ибо их земли оставались физически разделены территорией Польши. Герцогство дало свое имя наследникам династии, и первые монархи приняли необычный в Пруссии титул королей. Ее отделение от основной части бранденбургских владений создавало трудности и много лет спустя способствовало притязаниям Фридриха II Великого во время первого раздела Польши.

Поскольку у Казимира IV было одиннадцать детей, доживших до зрелого возраста, значение Ягеллонов возрастало с увеличением членов семьи. Через брак или по рождению Ягеллоны стали правителями одной трети Европы. Помимо их господства в Польше и Литве, они занимали видное положение в Богемии, Венгрии и Моравии. Однако сто лет спустя династия прекратила существование в Польше со смертью своего последнего короля Зигмунда (Сигизмунда) II Августа. Он был внуком Казимира IV, сыном Зигмунда I Старого и печально известной Боны Сфорца, дочери герцога Миланского. Сильная женщина, одна из двух самых известных королев Польши, Бона была полна решимости обеспечить престол своему единственному выжившему сыну, поэтому в 1529 г., когда ему было всего девять лет, ей удалось повлиять на его избрание и коронацию. Хотя это и обеспечило права ребенка в будущем, но осуществлялось еще при жизни и правлении его отца, что сделало Бону еще более непопулярной среди знати.

После смерти мужа Бона в конечном итоге вернулась в Италию, в дом ее детства в Бари, где вскоре, в 1557 г., ее отравил один из приближенных. В Польше она развивала искусства и культурную жизнь. Некоторое время страна переживала золотой век, интеллектуальный и художественный расцвет, который почти на столетие опередил золотой век Голландии. В тот период такие знаменитые люди, как польский астроном Коперник из Торуни (Торна), работали на ниве науки, медицины, образования и искусства. Под королевским покровительством процветал Данциг, куда приезжали иностранные ремесленники и специалисты. Позднее голландские архитекторы создали для Зигмунда II при входе на Длинный рынок кирпичный дворец во фламандском стиле, «Зеленые ворота», получивший название от близлежащего, покрытого лишайником моста через реку. Король никогда здесь не останавливался. Сегодня дворец полностью отреставрирован после серьезных разрушений во время Второй мировой войны – это одно из архитектурных сокровищ Гданьска.

Однако даже пока страна процветала, находившемуся во владении короля Великому княжеству Литовскому угрожал его сосед – Русское царство. В 1558 г. царь Иван IV Грозный вторгся в Ливонию – область к северу от Литвы, и началась жестокая война, которая продлилась четверть века. В 1561 г. Тевтонский орден в Ливонии был распущен, и ее жители обратились за помощью к соседям. Большая часть Южной Ливонии была присоединена к Литве в качестве полусамостоятельного герцогства (княжества), а новые вассальные герцогства Курляндия и Семигалия перешли под защиту Польши. На севере Швеция взяла оставшуюся территорию, включив ее в состав шведской Эстонии. Наконец, через десять лет после начала войны украинские владения Великого княжества Литовского вошли в состав Королевства Польского. Отныне королевство и княжество официально оформили союз, который до сих пор был сугубо семейным. В следующем, 1569 г. в Люблине два государства официально объединились в Речь Посполитую – одно из крупнейших государств Европы своего времени.