В июне Ерофея Павловича нагнал отряд Терентия Чечигина. Получив подкрепление и пополнив запасы пороха и свинца, участники похода собирали ясак с дючеров, потом с дауров. В конце июля 1652 года Хабаров и его люди остановились во владениях князька Кокурея, сына Турончи в устье реки Зеи. Ерофей Павлович хотел построить там острог и зазимовать в нём. Но более сотни человек из отряда выступили против этого. 1 августа они захватили три дощаника с казной и запасами и пустились вниз по Амуру. Попытки догнать их на лодках и убедить вернуться успеха не имели.

В этих обстоятельствах оставаться на зимовку в устье Зеи было опасно. Хабаров составил докладную записку Францбекову и отправил её в Якутский острог с надёжными людьми. Помимо всего прочего, он попросил военной помощи от Сибирского приказа. Затем распустил среди дауров слух, что вот-вот на Амур придёт огромное войско из Москвы. Это известие дошло до маньчжуров и заставило их отвести свой отряд от устья Сунгари вглубь страны, чтобы избежать нежелательной войны. После проигранного сражения у Ачанского городка они побаивались русских.

Собрав оставшихся людей, Хабаров 9 августа вышел из устья Зеи и направился вниз по течению Амура. 30 августа 1652 года он обнаружил острог, построенный беглецами из его отряда. По приказу Ерофея Павловича рядом был сооружён второй городок, в котором установили пушки. По беглецам дали залп, но это их не напугало. И тогда Хабаров собрал своих людей с оружием рядом с острогом и скомандовал начать штурм. Этого оказалось достаточно, чтобы беглецы сдались.

Ерофей Павлович учинил суд и приговорил 12 человек к наказанию палками. По некоторым данным их "батогами били вместо кнута, без рубах насмерть". Четверых зачинщиков бунта заковали в кандалы по рукам и ногам и посадили на несколько дней в тесной каморке.

В этом самом городке и зазимовали. До весны 1653 года люди Хабарова добывали пушнину, ловили рыбу для собственного пропитания и собирали ясак с гиляков.

Тем временем в Сибирском приказе шло расследование действий воеводы Францбекова и всех его людей. Начало этому процессу положил донос, поступивший 18 февраля 1652 года от дьяка Петра Григорьевича Стеншина. У Стеншина с Францбековым были давние счёты, начавшиеся ещё на прежней службе. Став ленским воеводой, Францбеков припомнил своему неприятелю былое и учинил тщательную проверку всех дел. Разумеется, вскрылись многочисленные нарушения, за которые Стеншина посадили в тюрьму, конфисковав всё его имущество.

Пётр Григорьевич этого не забыл и тщательно собирал компромат на Францбекова. Поскольку в его доносе было очень много конкретных фактов, Сибирский приказ не мог оставить такое без рассмотрения. И в феврале 1652 года в Якутский острог отправили государственного сыщика стольника Ивана Павловича Акинфова.

Прибыв на место, сыщик обнаружил, что казна воеводства пуста, зато в доме Францбекова при обыске нашлось денег, соболей, имущества и кабальных расписок на сумму 12 742 рублей. При этом самым главным должником воеводы оказался Хабаров: он задолжал 7 000 рублей.

Не осталась без рассмотрения и просьба Хабарова прислать на Амур большой военный отряд. Глава Сибирского приказа, боярин князь Алексей Никитич Трубецкой, повелел начать подготовку к этому, а для проверки информации на месте отправил на Амур Дмитрия Ивановича Зиновьева, дав ему 150 стрельцов, и позволив набрать по пути ещё столько же.

Когда на Амуре весной 1653 года сошёл лёд, отряд Хабарова двинулся вверх по течению Амура до владений князька Кокурея в устье реки Зеи. То место приглянулось Ерофею Павловичу ещё в прошлом году. Он намеревался всё-таки построить там острог и посеять хлеб на окрестных землях. 25 августа 1653 года туда же пришёл Зиновьев с тремя сотнями стрельцов и тридцатью охотниками.