Мегалиты Мальтийского архипелага известны уже много столетий. Когда ещё в Средние века начиналось исследование некоторых участков, землекопы считали, что храмы эти были установлены расой гигантов в допотопные времена. Подобные свидетельства, например, содержит отчёт, изданный в Лионе в 1536 году. Более же или менее профессиональные в современном смысле слова археологи появились на Мальте в 1816-26 годах. Да и то профессионализм их можно признать лишь условным. Так, они составили детальный план комплекса Джгантия, но при этом, расчищая его от земли, весь грунт попросту выбросили, совершенно не задумываясь, что он может содержать много ценных артефактов.

Местная мифология тоже связывала строительство мегалитов с великанами. Одна из бытовавших на острове Гоцо легенд увязывала возникновение правивших на Мальте династий с великанами. Якобы в стародавние времена где-то на континентальных берегах некая великанша жила себе счастливо в лесу со своими сыном и дочерью, но однажды приплыли чужестранцы и украли её детей. Великанша бросилась в море и вскоре догнала лодку. Ухватившись за её борт, она потянула лодку на себя, но один из похитителей взял топор и отсёк ей обе руки. Великанша утонула, а лодка в конечном итоге достигла Мальтийских островов. Спустя годы дочь великанши вышла замуж на острове Гоцо, а сын женился на Мальте. Так и зародились первые династии.

Современная же наука считает, что первые поселенцы прибыли на Мальтийский архипелаг в VI – V тысячелетии до н. э. По поводу того, почему люди не появились на этих островах ещё в мезолите и палеолите учёные откровенно недоумевают: ведь тогда Мальта соединялась с Сицилией широким перешейком, а до того имелся и перешеек, связывающий её с африканским берегом, то есть через архипелаг проходил сухопутный мост, соединяющий два континента. Впрочем, причина появления людей на Мальтийских островах тоже малопонятна, ведь там нет рек, нет нормальных условий для занятия сельским хозяйством.

Сами же мегалитические храмы в XIX и начале ХХ века историческая наука упорно относила к памятникам финикийской культуры. Лишь с появлением новых методов датировки выяснилось, что их начали строить ещё около 3800 года до н. э., задолго до строительства первых пирамид в Египте (если, конечно, придерживаться принятых в академической науке датировок). Вплоть до открытия Гёбекли-Тепе в Турции мальтийские памятники считали древнейшими каменными храмами в мире. Ныне же учёные спорят, как зародилась на Мальте культура подобных построек, была ли она привнесена на острова с Востока или же создана местными жителями.

Самым древним считается святилище Джгантия (Гигантское) или, как его ещё называют, Башни Гигантов на острове Гоцо. Возведено оно на холме высотой 115 метров и хорошо видно издалёка. Святилище действительно похоже на две массивных и приземистых, высотой порядка шести метров башни. Впрочем, это всё-таки не башни, а самые настоящие храмы. Старший («южный») храм состоит из пяти полукруглых апсид, которые располагаются вокруг внутреннего двора в виде трилистника. В некоторых апсидах, то есть пониженных выступах, «южного» и в одной из апсид «северного» храма ещё можно проследить, где находились алтари. Масса некоторых известняковых блоков, из которых сооружены стены святилища, превышает 50 тонн. Глыбы были скреплены чем-то вроде раствора. В некоторых местах сохранились следы красной краски. В древнейших культах этому цвету приписывали магическую силу – он мог знаменовать возрождение, возвращение к жизни. В святилище обнаружен фрагмент женской статуи высотой порядка 2,5 метра. Это – единственная крупная скульптура, найденная на Мальтийских островах. Во всех остальных неолитических храмах обнаружены лишь небольшие статуэтки высотой 10-20 сантиметров. По мнению некоторых исследователей, Джгантия была своего рода «Ватиканом» каменного века – центром всей духовной и светской жизни мальтийской цивилизации. Помимо Башен Гигантов на Мальте есть и другие мегалитические храмы: Мнайдра, Скорба, Таршин, Та’Хаджрат, Хаджар-Ким. Всего их 28.