Отметим, что вслед за этим фундаментальным исследованием ученого, не отказавшегося от своей научной позиции, одна за другой публикуются его статьи на русском языке. Каждая из них вызывала большой интерес русскоязычного читателя. Наряду с государством Аггоюнлу в этих статьях нашли отражение такие важные вопросы, как внешняя политика государства Сефевидов, его взаимоотношения с западноевропейскими странами, важная роль, которую сыграл Азербайджан в отношениях между Европой и Азией, его место в международной торговле, дипломатия Узун Гасана, шаха Исмаила, шаха Тахмасиба и Аббаса Великого140.

Эти проблемы, исследованные Ягубом Махмудовым, как в кандидатской диссертации, так и в научных статьях, нашли свое продолжение и завершение в докторской диссертации на тему «Взаимоотношения государств Аггоюнлу и Сефевидов с западноевропейскими странами». Защита этого исследования, состоявшаяся в 1989 г. в Москве141, стала большим событием в исторической науке Азербайджана и в медиевистике в целом: историк с Востока исследовал западные источники и писал о том значении, которое имел Восток для Запада. Говоря словами автора, «Запад изучал Восток, учился у Востока, и старался превзойти его»142.

С одной стороны, это фундаментальное произведение обеспокоило известных востоковедов и медиевистов, с другой стороны оно вызвало с их стороны научный интерес. Азербайджанский исследователь представил исследование, отличавшееся от трудов историков Турции и Ирана: в нем не было ни восхваления завоеваний османских султанов, как это делали турецкие историки, ни элементов шовинистических идей, свойственных иранским историкам. Произведение Ягуба Махмудова было чисто научным исследованием. По этой причине оно сразу было принято широкой русскоязычной читательской аудиторией.

За труд «Взаимоотношения государств Аггоюнлу и Сефевидов с западноевропейскими странами (вторая половина XV – начало XVII века)», получившей высокую оценку ученых Московского Государственного Университета, Института востоковедения Академии наук СССР и Ленинградского Университета, Я.М.Махмудову была присуждена ученая степень доктора исторических наук. По решению кафедры истории средних веков Московского Государственного Университета, это исследование азербайджанского ученого на основе положительных отзывов известных медиевистов С.П.Карпова, Г.Л.Курбатова, Н.В.Строевой, А.А.Кирилловой было рекомендовано к печати.

В одноименной монографии, созданной на основе первоисточников, в том числе впервые введенных в научный оборот, политика западноевропейских государств представлена в качестве одного из первых образцов политики «разделяй и властвуй» на Востоке143. Этот труд, написанный в национальном духе, был встречен с уважением и научной общественностью Азербайджана. В 1996 г. был издан его перевод на азербайджанский язык144. Работа была переиздана в 2010 г. на русском языке145. Монография на английском языке была опубликована в 2010 г. в Лондоне и Нью-Йорке146.

В других своих работах147 Я.М.Махмудов обосновывает, что в расширении взаимосвязей Азербайджана с европейскими странами важную роль играла политика этих стран, направленная на приобретение источников сырья и выгодных рынков сбыта на Востоке, и планы осуществления первых колониальных захватов в эпоху первоначального накопления капитала. Шелк-сырец, являвшийся основным продуктом вывоза государства Аккоюнлу и Сефевидов, был предметом острой конкурентной борьбы между западными державами, оказывая активное влияние на международные отношения; правители азербайджанских государств использовали эту борьбу для осуществления своих внешнеполитических планов. Именно Я.М.Махмудовым доказывается, что в конце 60-х – начале 70-х гг. XV в. государство Аккоюнлу играло ведущую роль не только в антиосманской коалиции, но и в международных отношениях Средневековья. Историк раскрыл роль разветвленных дипломатических отношений между государством Аккоюнлу и западноевропейскими странами, привел множество подтверждающих этот факт документов, которые систематизируются и обобщаются в различных работах ученого.