К концу XIX века стремление проживавших в Баку католиков (около 2000 человек, большинство – французские и германские подданные) построить свою церковь наталкивалось на постоянное противодействие царских властей. Вероятно власти уже усматривали в Католичестве непосредственную угрозу Православному Христианству, так как возведение величественной лютеранской кирхи, построенной А. Эйхлером в 1895—1897гг. в лучших традициях немецкой готики, не вызвало столь решительного противодействия.
Триумфом вновь возрожденной и весьма малочисленной католической общины независимого Азербайджана стал приезд в Баку папы Иоанна Павла II в 2002 году (совсем недавно – в октябре 2016 года Баку посетил папа Римский – Франциск).
Завоевание Азербайджана Российской империей в начале XIX века привело к переселению в регион представителей народов, исповедующих Православное Христианство (см. 7). После заключения Гюлистанского договора (1813 г.) в регионе начинается рост числа христиан за счет военных, чиновников, их семей и переселяемых из центральных районов Российской империи сектантов. Сосланные из центральных регионов России в Закавказье, первые христианские сектанты начинают оседать в Азербайджане в начале 30-х годов XIX века. До 1868 г. в Бакинской губернии христианские переселенцы-сектанты основали 21 село, в Елизаветпольской губернии было основано 7 сел русских переселенцев. В XIX веке на территории Азербайджана было 27 сел христианских сектантов и одно село раскольников. Христианские секты были представлены молоканами, субботниками, раскольниками, скопцами, баптистами, адвентистами, прыгунами и др. К 1904 году в Шемахе и уездных селах жило свыше 14 тысяч христианских сектантов, из них 12600 человек составляли молокане.
В 1815 году в Баку открывается первая русская православная церковь «Святого Николая», священником которой стал присланный из Тбилиси Давид Иванов. Во второй половине XIX века в Баку началось возведение новых христианских храмов: костел немецких католиков, костел поляков, армянская церковь «Святого Григория» и др. Самой большой церковью Закавказья XIX века стал построенный в Баку храм «Александра Невского», называемый «Золотой Церковью» (разрушен в годы советской власти).
К 1904 году в Бакинской губернии действовало 28 церковно-приходских школ, в которых обучалось около 2 тысяч учеников. Только в Елизаветпольской губернии в 1908 году было 662 церкви, костелов, кирх, синагог, 101 молебенный дом различных сект и четыре монастыря. До советизации русская православная церковь Азербайджана подчинялась экзархату Грузии, назначавшему благочинных.
Драматические события в ряде немецких государств начала XIX века привели к массовым переселениям на Кавказ швабов, лютеран, протестантов из Европы. В 1816 году сорок семей протестантской общины по приглашению царя Александра I двинулись на Кавказ – место, согласно преданию, будущего перед концом света пришествия Иисуса Христа. Руководимые Г. Кохом, Я. Краусом и А. Шюллером три колонны переселенцев были размешены в Елизаветпольской губернии недалеко от города Гянджи. В 1819 г. вюртембуржцы основали в Азербайджане первую немецкую колонию Еленендорф (ныне Ханлар), а в 40 километрах. от нее другую – Анненфельд (ныне Шамкир). В 1897 г. в Бакинской губернии проживало уже 3430, а в Елизаветпольской – 3194 немцев. К 1821 г. прибывшей из Швейцарии в Еленендорф миссией был созван синод, принявший первый церковный устав для всех немецких общин Закавказья (немцы были размещены также на территориях Грузии).
После оккупации Азербайджана большевиками все религиозные организации стали подвергаться нарастающему давлению со стороны атеистических властей. В 20-30-х годах XX-го века проходили массовые репрессии против духовенства, разрушение храмов, ссылки и уничтожение десятков тысяч религиозных деятелей и простых верующих. После новой государственной регистрации в Азербайджане остались лишь: бакинские церкви «Рождества Богородицы» и «Михаила Архангела», Хачмаская и Гянджинская городские православные церкви, Бакинская армянская церковь «Святого Григория».