За военные заслуги Екатерина II пожаловала черноморцам земли в Керчи и на Таманском острове, но к концу войны Г. А. Потемкин уговорил ее передать казакам земли между Бугом и Днестром в Северном Причерноморье, близкие к их родине, благодаря чему бывшие запорожские казаки получили новое название – Черноморское казачье войско.
Казаки помогли российским войскам захватить ряд ключевых турецких крепостей в Северном и Западном Причерноморье, за что получили многочисленные награды. Они расселились на дарованных землях и начали возведение Войскового собора в стиле украинского барокко. Однако в октябре 1791 года скончался их покровитель граф Г. А. Потемкин, и жизнь казаков между Бугом и Днестром значительно осложнилась из-за многочисленных колонистов, которым, согласно воле Екатерины II, раздавали окружающие земли. Тогда казаки обратились к Екатерине II с просьбой о переселении. Выделенной земли на полуострове Тамань было явно недостаточно, и пока под руководством Чепеги шел процесс переселения, Головатый во главе казачьей делегации отправился в Санкт-Петербург с ходатайством о предоставлении более обширных земель Черноморскому казачьему войску взамен ранее отобранных.
Переговоры шли долго. Прибыв в Петербург в марте 1792 года, делегация два месяца ждала высочайшего решения. Головатый просил выделить войску земли не только в Тамани и на Керченском полуострове, но и на правом берегу Кубани, пустовавшие после чумы, приведшей к гибели множества черкесов, а также изгнания Суворовым ногайцев. На аудиенции у Екатерины II Головатый говорил на латыни, играл на народных инструментах и всячески веселил государыню. В конце концов императрица пожаловала черноморским казакам земли на Тамани и Кубани «в вечное и потомственное владение». Официально дарственные грамоты и хлеб-соль на пожалованную землю были вручены делегации на специальном приеме в конце июня 1792 года.
В годы Гражданской войны грамота и другие символы власти кубанских (бывших черноморских) казаков были вывезены казачьими эмигрантами в США. В 2000-е годы они были возвращены в Музей имени Е. Д. Фелицына в Краснодаре после выполнения российскими властями части условий – восстановления Войскового собора и обелиска 300-летия Кубанского казачества. Вопрос о переименовании города в Екатеринодар остался неразрешенным, так как в результате официального опроса большинство жителей города высказались против возвращения ему дореволюционного названия.
Весной Чепега разместил в остатках Суворовского Архангельского фельдшанца – земляного полевого оборонительного укрепления, предназначенного для защиты пограничных зон, – первую резиденцию начальника всей Черноморской кордонной линии, а рядом, за речкой Карасуном, казаки заложили крепость и «войсковой град» Екатеринодар.
Черноморская кордонная линия представляла собой выстроенные в линию небольшие форты, построенные в 1792–1793 годах черноморскими казаками на месте старых укреплений, которые в 1778 году были возведены Суворовым вдоль правого берега Кубани. Линия начиналась на Таманском острове с крепости Фанагория и заканчивалась Варениковским фортом, находившимся на месте современной станицы Варениковской. С 1861 года Черноморская кордонная линия стала называться Нижекубанской.
Черноморское казачье войско должно было нести постоянную сторожевую службу, охраняя границу. Состав его постоянно пополнялся новыми переселенцами, в числе которых с самого начала были и донские казаки. Их временное пребывание на кубанской границе в 1791–1792 годах и разговоры о возможном переселении чуть было не закончились масштабным бунтом на Дону. В 1801 году в Черноморском казачьем войске насчитывалось почти 33 тысячи человек, но его основателей к этому времени уже не было в живых.