Несмотря на то, что в Медине мусульмане теперь составляли большинство населения, Мухаммаду нужно было подумать о безопасности своих последователей в регионе. Он также издал устав, известный как Мединская конституция, в основе которого лежали правила урегулирования взаимоотношений между разными группами населения для поддержания мира. В Медине жили и иудейские племена, и малочисленные христиане. Новый устав гласил, что иудеи являлись полноправными членами общины (уммы) Медины и имели такие же права и обязанности, как мусульмане. В надежде, что это гарантирует безопасность мусульманскому присутствию в городе и укрепит мир, данный принцип распространился на все меньшинства. Однако извне надвигалась военная угроза. Курайшиты – правящий род Мекки – не могли смириться с тем, что мусульмане, которых они хотели уничтожить, сбежали от них и нашли убежище в Медине. Враждебность двух сторон нарастала, и происходили битвы, одна за другой.

Между тем росло напряжение во взаимоотношениях мусульман с тремя иудейскими племенами – Бану Кайнука, Бану Надир и Бану Курайза, которые вели с курайшитами свою игру. Прочие иудейские племена оставались под защитой Пророка. У Мухаммада уже произошел ранее конфликт с Бану Кайнука, нарушившими соглашение и заключившими союз с врагами. Пророк нанес им поражение, но затем даровал свободу и разрешил покинуть город. Подобное решение в корне противоречило существующим обычаям, согласно которым мужчин побежденного племени казнили, а женщин и детей считали военной добычей.

Получившие свободу люди Бану Кайнука объединились с Бану Надир и вновь предали Мухаммада, напав на мусульман. Мухаммад опять помиловал их и отправил в изгнание. Через некое время он узнал, что Бану Курайза заключили союз с двумя другими изгнанными племенами и намереваются предать его в третий раз. Мухаммад отправил на них войска и одержал победу. Теперь он, согласно иудейским традициям, предложил, чтобы их судьбу решил другой человек, и иудеи одобрили кандидатуру своего судьи. Приговор был вынесен безжалостный, и всех мужчин племени казнили. Суровое наказание исполнили только в отношении трижды предавших, и это возымело эффект: соседние племена больше не нарушали заключенные договоры.

Описываемое событие произошло незадолго до того, как мусульманская община наконец достигла стабильности в регионе, заключив ряд союзов, обеспечивающих ее безопасность.

Тем временем Мухаммад снова женился. Супругой Пророка стала Айша – дочь его друга Абу Бакра. Традиция передает, что во время заключения брака Айше было шесть лет, а когда они вступили в супружеские отношения, ей исполнилось девять, что вполне соответствовало обычаям того времени. Тем не менее некоторые известные исследования ставят возраст Айши под сомнение. Кроме того, из сопоставлений с историческими событиями, не имеющими отношения к биографии Мухаммада, вытекает, что Айше было от 16 до 18 лет. В течение 25 лет у Пророка была одна супруга, однако после переселения в Медину он женился на одиннадцати женщинах. Бо́льшая часть этих браков была заключена по политическим мотивам, чтобы закрепить достигнутые соглашения с разными кланами, в соответствии с обычаями того времени. Мухаммад продолжал выстраивать взаимоотношения в регионе с соседними племенами. Было важно изменить отношение к своей общине, создать мусульманам, которых курайшиты пытались представить всем как никчемных безумцев, положительную репутацию. Однажды Медину, например, посетили христиане из Наджрана. Мухаммад позволил им совершать молитвы в своей мечети и очень уважительно отнесся к соблюдению ритуалов иной религии. В это же время произошло ключевое изменение в религиозной практике. По прибытии в Медину мусульмане молились, обращаясь лицом в сторону Иерусалима – священного города трех религий монотеизма, но уже в самой Медине Пророк получил Откровение, указывающее, что обращаться нужно в сторону Мекки, где находилась Кааба. Кааба представляет собой куб, полый внутри, который, согласно мусульманской традиции, был возведен Авраамом, однако люди окружили постройку идолами. Авраам очистил храм, но после его смерти тот вновь превратили в место поклонения идолам, пока Кааба окончательно не была очищена Мухаммадом. Кааба стала священной мечетью, символически олицетворяя собой дом Бога, центром, в сторону которого мусульмане обращаются лицом во время молитвы, также, как они направляют свои сердца и жизнь к Богу: «Обрати же свое лицо в сторону Заповедной мечети. Где бы вы ни были, обращайте ваши лица в ее сторону [во время молитвы]» (2:144). Все мечети обращены в сторону Мекки, а Иерусалим, лицом к которому молились раньше, остается священным городом для мусульман по сей день.