Эта последняя версия военного плана была подготовлена офицерами из штаба Шапошникова. Однако летом 1940 г. он ушел с поста начальника штаба из-за проблем со здоровьем, и его место занял генерал Мерецков. Работа над планом была продолжена, и 18 сентября был готов новый проект^>49. В сентябрьском плане повторялась мысль о том, что немцы, вероятнее всего, будут атаковать с севера, однако не исключалась и возможность того, что они сконцентрируют основные силы на юге. Как следствие, появлялась необходимость вернуться к двум вариантам стратегической реакции советской армии. Если немецкие войска будут сконцентрированы на юге, силы Красной Армии тоже должны быть сосредоточены там и начать контрнаступление по направлению к Люблину и Кракову в оккупированной немцами Польше и далее к Вроцлаву в Южной Германии, с целью отрезать Гитлера от его союзников на Балканах и от критически важных экономических ресурсов этого региона. Если немцы начнут наступление с севера, Красная Армия должна была начать вторжение в Восточную Пруссию – главной ее целью по-прежнему было обнаруживать основные силы немецкой армии и вступать с ними в бой.

Сентябрьский план был представлен для обсуждения советскому руководству во главе со Сталиным. Результатом этого обсуждения, закончившегося в начале октября, стала очень важная поправка: основные ударные силы Красной Армии должны были быть сгруппированы на юге и получить приказ продвигаться на Люблин, Краков и Вроцлав. Хотя причина таких изменений в планах не была указана в записке, которую Тимошенко и Мерецков направили Сталину^>50, наиболее вероятным объяснением является предположение, что в начале войны основная часть немецких вооруженных сил будет сгруппирована на юге. Естественно, в следующей версии военного плана, подготовленной в марте 1941 г., юг назывался как наиболее вероятное место концентрации немецких сил, хотя возможность их концентрации на севере и атаки из Восточной Пруссии тоже не исключалась^>51. Начиная с весны 1941 г., во всех донесениях советской разведки говорилось, что если немцы начнут вторжение, то главным образом с юга. Эти ошибочные предположения говорят об эффективности развернутой Германией кампании по дезинформации, целью которой было скрыть истинные намерения немцев: нанести основной удар с севера, по оси Минск – Смоленск – Москва.

Решение поставить все на группировку Красной Армии на юге стало роковым, как подчеркивают в своих мемуарах Жуков и другие участники событий. По их версии, это решение было принято Сталиным, который считал, что Гитлер хочет завладеть экономическими и минеральными ресурсами Украины и юга России, в том числе – нефтью Кавказа. Сталин действительно думал, что борьба за сырьевые ресурсы будет играть ключевую роль в предстоящей войне, однако нет прямых доказательств того, что решение сгруппировать войска на юге принял именно он – хотя, очевидно, он с этим решением согласился. По другой версии, предложенной Габриэлем Городецким, в то время, когда составлялся военный план 1940 г., советское руководство было крайне озабочено ситуацией на Балканах и полностью сосредоточено на том, как изолировать Гитлера от его балканских союзников^>52. С этой точки зрения решение сконцентрировать войска на юге кажется обоснованным в большей степени политическими, чем военными соображениями. Кроме того, существует предположение, выдвинутое маршалом Матвеем Захаровым в его работе, посвященной деятельности советского Генштаба, что критическую роль в принятии этого решения, возможно, сыграли личные предпочтения и административно-бюрократические факторы