Митрополит Исидор оказался активным сторонником унии и, вернувшись с собора в Москву, решил действовать сразу же по новым «латинским» правилам. Он приказал носить перед собой «крыж Латынский да три палицы серебряны про честь фряжьскаго права». Послушав, как он во время литургии в Успенском соборе прославляет на службе вместо патриарха папу римского, а затем зачитывает грамоту о соединении церквей, великий князь Василий II прогнал его из храма и сослал в Чудов монастырь под надзор приставов – полицейских того времени.

«В лето 48. <…> О митрополите Сидоре, как прииде из Рима на Москву. Тое же весны прииде из Рима Сидор митрополит, несы крыж пред собою и глаголя тако: «яко соединили есмь на сем соборе восточныя церкви с западными». И так восхоте соединити православие с Латынством. Не попусти же сему господь бог единому волку погубити бесчисленое множество овчего стада православъного христьаньства, и обличися безумие того. Прииде бо на Москву в неделю 3 поста и того дне служил и рече: «в первых помяни, господи, папу Римского». Князь же великы слышав то и вси епископы тогда беху ту на Москве Русстии и прочье множество православных христьан и мнози ведущеи божественое писание. И пакы всем сие богомерзко вменися, поне же бо преже сего ниже именовася папы Римского имя в земли нашеи, отнели же и крещена бысть, а се ныне во святеи службе поминаем есть. И тако обличивше и истязавше о сем Исидора, поимаша его в среду крестопоклонную и посадиша в манастыри у Чюда; он же седе ту лето все».^>5

Подробно о соборе и о возвращении митрополита Исидора из Флоренции на многих страницах рассказывает Патриаршая летопись.

Просидев полгода под надзором, Исидор ночью тайно бежал вместе со своими учениками – чернецами Григорием Болгарином и Афанасием в Тверь, а оттуда в Литву. Очевидно, никто его особо не охранял и ловить не собирался.

«О Сидоре митрополите, как побеже с Москвы. В лето 49 сентября 15^>6 митрополит Сидор убежал с Москвы ко Твери, а оттоля к Литве, да и к Крыму, к папе своему злочестью ко диаволу, водим к своеи ему погыбели».^>7

«Богомудрый же и великоразумный князь велики Василей Васильевичь никакоже не посла възвратити его, ни възхоте удръжати его, яко несмыслена и безумна и богомръзка».^>8

Беглец был задержан в Твери, но великий князь московский не стал просить великого князя Бориса Тверского^>9 о его возвращении. Так московская митрополия лишилась главы и оказалась в сложной ситуации. Византия, где прежде утверждались русские митрополиты, согласилась принять унию с католиками и в глазах православной Москвы оказалась изменницей истинной вере предков. Киев, который в то время принадлежал католической Литве, готов был принять к себе ставленника из Рима.

Москва не хотела иметь владыку, который бы жил в Киеве и хлопотал об интересах враждебного государства. Да ещё и подчинялся папе римскому. Надо было избирать собственного митрополита, но сила традиции не позволяла сделать это быстро. Решение проблемы затягивалось. А в это время междоусобица не затихала.

На какое-то время главным духовным авторитетом в Москве становится игумен Зиновий Троицкий – он мирит великого князя Василия Васильевича с двоюродным братом Дмитрием Юрьевичем Шемякой.

Немалым авторитетом на Руси пользуется и епископ рязанский и муромский Иона. Еще в 1431 году он был избран русскими святителями на место умершего митрополита Фотия. Однако едва он собрался ехать в Царьград «на поставление», как узнал, что там уже утверждён литовский кандидат – смоленский епископ Герасим. Когда в 1434 г. Герасим погиб, и владыка Иона, наконец, собрался и прибыл-таки в Царьград, его снова опередили: там уже был утвержден митрополитом киевским и всея Руси присланный из Литвы Исидор. А Иону, будто бы, благословили быть на Руси митрополитом, если не станет таковым Исидор. Однако и после изгнания последнего Иона всё ещё долго оставался епископом, а митрополия московская пустовала.