С тех пор Санкт-Петербург пережил более 300 наводнений, при которых уровень воды превышал уровень Балтийского моря порой более чем на три метра. Наиболее опасными были для северной столицы частые осенние и зимние разливы.

Комплексу эрмитажных зданий, построенному у самой Невы, водная стихия досаждала неоднократно. Выходя из берегов, река затапливала дворцовые подвалы, покушалась на первый этаж. Сохранились воспоминания о наводнении 1824 года: 18 ноября Дворцовая площадь словно превратилась в бушующее море, посреди которого стоял Зимний дворец – о его стены хлестали тяжелые волны, ветер срывал с крыши металлические листы, бил окна. Было разрушено 462 дома, еще 3682 повреждено. Утонувших насчитали 500 человек; других, чьи тела унесло в Финский залив, объявили пропавшими без вести. Бурная река текла по Невскому проспекту. Размыло городское кладбище, и гробы плыли по улицам, приставая к окнам и парадным. Тому памятному бедствию посвящен «Медный всадник» А.С. Пушкина. На здании Нового Эрмитажа до сих пор сохранилась мраморная табличка с указанием уровня воды 1824 года.

Катастрофа подобного масштаба повторилась через сто лет, в 1924 году. Последнее наводнение, серьезно побеспокоившее Зимний, датировано 1999 годом. Тогда вода поднялась на 260 сантиметров и через Шуваловский проезд проникла в подвальные помещения Эрмитажа.

Капризная многоводная Нева наносила ущерб всей исторической части Петербурга, особенно Васильевскому острову и Петроградской стороне. До ввода в строй дамбы во время наводнений из-за угрозы подтопления приходилось закрывать некоторые станции метро.

В 70-е годы прошлого века, с расцветом советской гидрологии, ученые вплотную взялись за изучение механизма возникновения и развития наводнений. Новые исследования подтвердили, что «злая вода» приходит в Петербург из Балтийского моря и Финского залива. А главным виновником оказался Гольфстрим. В районе Исландии, где это теплое течение встречается с холодными водами Арктики, рождается циклон. Сильный штормовой ветер гонит волну в сторону Балтийского моря. Волны колоссальной разрушительной силы, проходя через Финский залив, докатываются до дельты Невы и Санкт-Петербурга.

Разобравшись в первопричине наводнений, власти приняли решение: дамбе быть. В основу ее проекта положили идею Базена. Предварительные работы начались в 1974 году. Построили дорогу от острова Котлина с расположенным на нем Кронштадтом до материка. Затем повисла пауза. Работы возобновились лишь в 1979 году после очередного катастрофического наводнения. Однако велись они вяло, а в 1987 году начались активные протесты против строительства дамбы. О комплексе защитных сооружений Петербурга в то время гуляло много скандальных «фактов»: насыпи и экологию испортят, и берега разрушат. Сторонники дамбы уверяли, что КЗС, напротив, оздоровит среду, ведь на севере Невской губы застой воды наблюдали и до строительства. Ученые доказывали, что прямой связи между дамбой и размытыми берегами быть не может, ведь дело не в скорости волны, а в длине разгона. Объясняли, что с помощью грамотной расстановки водопропускных сооружений вода станет двигаться равномерно и ее показатели улучшатся. Но страхи активистов, что Невская губа превратится в болото, эти аргументы не развеяли.

Работы встали надолго, не помог даже новый конкурс проектов. Шла перестройка, крах Советского Союза был все ближе. В 1990-е годы казалось, что идея сооружения дамбы похоронена навсегда. Но в 2001 году строительство КЗС возобновили.

К тому времени атомный экспортер России накопил солидный опыт в сооружении сложнейших инженерных объектов. «Атомстройэкспорт» принял участие в тендерах на завершение строительства КЗС и выиграл два контракта.