В новых реалиях на первом месте были источники финансирования: госбюджет, внебюджетная деятельность (платное обучение, выполнение НИР, оказание образовательных услуг), федеральные целевые программы, работа с предприятиями, которым тоже было непросто выживать. Проблемы набора абитуриентов и поддержания высокого уровня подготовки студентов и аспирантов в тот период деградации отечественной промышленности и науки могли быть решены деканами и заведующими кафедрами только при самом активном участии ректората. Каждому руководителю хоздоговора по возможности оказывали содействие в реализации контракта. Выполнение федеральных целевых программ требовало непосредственного участия в них ректора и проректора по научной работе, а также команды, способной их реализовать. Эта команда окончательно сформировалась к концу первого срока ректорства Сергея Антоновича. Через публикации статей, подготовку докладов на конференциях, участие в совещаниях различного уровня, формирование инновационной инфраструктуры университета КГТУ стал узнаваем во внешней среде, в том числе и международной (проекты с КНР, Францией, Германией). Личное участие Сергея Антоновича во всех этих процессах и доверие к руководителям подразделений университета с его стороны позволили закрепить ряд основных ценностей в корпоративной культуре университета, а также обеспечили прорыв по основным направлениям деятельности университета. Полученные при реализации этих программ знания и опыт совместной творческой деятельности, ранее сформированные ценности корпоративной культуры позволили перейти к элементам системного подхода в вопросах управления университетом, формированию его миссии и стратегии развития.

По всем основным направлениям деятельности университета были разработаны программы развития, обсуждение и результаты которых регулярно представлялись на заседаниях ученого совета. Это были активные обсуждения. На многие новации университет оперативно откликался. Так было и с системой менеджмента качества ИСО 9001:2000. В рамках ее реализации много полезного было сделано в сфере электронного документооборота, проработки базовых бизнес-процессов, формализации процедур взаимодействия структурных подразделений университета до уровня матриц RACI и т. п. В системе управления кафедра позиционировалась как ведущее звено, определяющее качество образовательного и научного процессов через коллектив, материальную базу лабораторий, через связи с предприятиями. Сергей Антонович, прошедший все ступени управленца в вузе, прекрасно это понимал и поддерживал большинство начинаний по совершенствованию работы кафедр (модульный подход в фундаментальном образовании на первых двух курсах, широкое применение математического моделирования, оптимизационных подходов, теории систем, рассмотрение в блоках специальных дисциплин энергосберегающих технологий, альтернативных источников энергии, принципов работы электронных конструкторских бюро, внедрение в учебный процесс дистанционных образовательных технологий и т. п.), в том числе и через гранты КГТУ.

Второй срок ректорства Сергея Антоновича пришелся на небогатую, но относительно стабильную экономическую обстановку в университете. Узнаваемость университета на всех уровнях, сложившаяся команда позволили ежегодно выполнять по 5–7 проектов по федеральным и региональным программам, в т. ч. под непосредственным руководством ректора. Проекты были направлены на поиск путей инновационного развития региона, формирование устойчивой связи вузов с работодателями и рынком труда, на усиление роли вузов в инновационном сегменте экономики. Коллективный труд позволил сформулировать ряд перспективных подходов к развитию региона. Результаты исследований обсуждались на конференциях, в правительстве Красноярского края, администрации г. Красноярска, на предприятиях, на ученом совете университета. Предпринимались шаги по внедрению результатов исследований через создание совместных структур: городской бизнес-инкубатор, интегрированный учебно-научно-производственный комплекс с участием СО РАН, региональный Центр тестирования Минвуза РФ, региональный инновационный центр «Центр технологий National Instruments», региональный Центр энергоэффективности, Энергетический центр TACIS по программам Евросоюза. В этом процессе была также задействована инновационная структура университета: филиалы кафедры ЮНЕСКО «Новые материалы и технологии» в Томске и Барнауле, научно-производственный центр «Магнитная гидродинамика», НИИ «Радиотехника», молодежный инновационный центр, лаборатория по разработке мультимедийных электронных образовательных ресурсов, испытательный Центр в Системе добровольной сертификации средств и систем в сфере информатизации «РОСИНФОСЕРТ» в составе Сибирского регионального учебно-методического центра ВПО (СибРУМЦ), лаборатория энергосбережения в программе «Энергосбережение вузов РФ», виртуальный выставочный комплекс научно-технической продукции КГТУ и его стратегических партнеров и др. Было понимание, что университет должен быть примером для студентов и работников промышленных предприятий в части применения инноваций в учебной, научной и хозяйственной деятельности, своего рода центром компетенций. При этом в первую очередь университет позиционировался в регионе в качестве центра компетенции в области учебно-методической работы и управления образовательным процессом. В этом направлении большую роль играл СибРУМЦ. Сергей Антонович активно поддерживал многие инновации, предлагаемые по линии СибРУМЦа: разработка научных принципов и технологии сопровождения ГОС ВПО нового поколения; анализ зарубежных и российских учебных планов и содержания основных образовательных программ в области техники и технологий, разработка нормативной базы для электронных образовательных ресурсов; развитие сетевых систем лабораторных исследований с удаленным доступом; разработка электронных учебно-методических комплексов; сертификация электронных образовательных ресурсов и др.