Строительство велось одновременно на многих участках, для этого вдоль будущей одноколейки по всей трассе на расстоянии 8—12 км друг от друга строились лагеря или лагерные участки (колонны), в каждом из которых содержалось от пятисот до полутора тысяч заключенных. Каждый лагерь строил свой участок дороги, а после завершения строительства этого участка перебирался на новое место. В лагерях содержались не только мужчины, но и женщины. Заключенные женщины работали на строительстве наравне с мужчинами. Несмотря на тяжелейшие условия заключения, иногда природа брала свое и у женщин-заключенных рождались дети, что было большой проблемой для начальства. После родов матери до года жили с детьми в специально построенном детском доме в Ермаково, а потом оставляли детей на попечение нянек и лагерного начальства до окончания своего срока заключения.

При строительстве дороги не учитывались особые условия производства земляных строительных работ в экстремальных условиях вечной мерзлоты и большой заболоченности этого региона Западно-Сибирской низменности, из-за чего построенные участки дороги летом часто проседали и проваливались на заболоченных участках. Фактически значительную часть дороги, сделанную за прошлые сезоны, с наступлением каждого нового теплого сезона приходилось ремонтировать. В создавшихся условиях и в целях безусловного выполнения установленных Сталиным сроков строительства начальник 503-й стройки полковник В. Барабанов впервые в системе советского ГУЛАГа ввел для заключенных систему зачетов: выполнил норму более чем на 125% – засчитывается день за два, а если дал полтора задания – день за три. Все сведения о выполнении трудовых норм учитывались в специальных зачетных книжках. Эта система зачетов должна была создать для заключенных-ударников лагерного труда стимул к повышению производительности труда и давала законную, реальную возможность освободиться от заключения раньше срока. Других способов попасть на свободу у заключенных не было. Бежать из лагерей было практически невозможно. Но время от времени находились отчаянные смельчаки, попытавшиеся рвануть в побег. Основная дорога контролировалась охраной. Единственный путь к свободе лежал к Енисею, затем на юг против течения по нему более полутора тысяч километров до Красноярска, или на север до устья Енисея, или до Дудинки и Норильска, которые также строились заключенными и усиленно охранялись. Вокруг стройки летом простиралась топкая северная тундра без дорог и тропинок, которая зимой была занесена многометровым снегом. Горе-смельчаки не знали всего этого и, проплутав несколько дней по топям и болотам, возвращались в лагерь с поднятыми руками сами. За каждую попытку побега заключенным еще добавляли к сроку лет 10—15, что для других служило лучшей мерой воспитания. Для ускорения строительства и выполнения утвержденных сверху графиков руководство стройки иногда прибегало к практике «накрытия поляны» с алкоголем и набором дефицитных продуктов питания – тушенки, колбасы, рыбы. По сохранившимся воспоминаниям бывших заключенных, в сравнении с другими объектами системы ГУЛАГа условия содержания здесь были лучше, что объясняется важностью стройки для страны и труднейшими природными условиями. Зэки были одеты в соответствии с местным климатом: ватные телогрейки, ватные стеганые брюки, валенки, рукавицы. Крайне тяжелые условия труда на открытом воздухе при низких температурах компенсировались для заключенных повышенной нормой питания и горячей едой. Но тяжелейший изнуряющий ручной труд в условиях сурового северного климата, летающие летом облака гнуса, непросыхающие одежда и обувь и недостаточное медицинское обслуживание делали свое черное дело и уносили жизни десятков тысяч заключенных.