Агентство не имеет отраслевой специфики и поддерживает науку и инновации различными инструментами (в первую очередь путем разработки ФЦНТП, а также создания научных парков, центров по трансферу и коммерциализации технологии, бизнес-инкубаторов), а также финансирует государственные исследовательские центры и мегапроекты.

Как было отмечено выше, часть бюджетных ассигнований на НИОКР распределяется на конкурсной основе через три государственных фонда:

• Российский фонд фундаментальных исследований (РФФИ),

• Российский гуманитарный научный фонд (РГНФ),

• Фонд содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере.

Российский фонд фундаментальных исследований был создан в 1992 г. Он поддерживает фундаментальные исследования во всех областях науки путем предоставления грантов на конкурсной основе. Основные функции Фонда состоят в поддержке лучших проектов в области фундаментальных наук, и поэтому отбор проектов основан на качественных оценках. РФФИ должен получать 6 % государственных расходов на гражданские НИОКР, однако в последние годы получает меньше. В 2006 г. Фонд профинансировал более 8000 исследовательских проектов, в которых участвовало более 730 различных академических институтов, университетов и промышленных исследовательских центров.

Из общего числа заявок Фонд принимает к финансированию примерно 1/3, что сопоставимо с аналогичными схемами в других странах (хотя европейские конкурсные системы более жесткие). При финансовой поддержке Фонда ежегодно публикуется около 200 монографий и проводится 500–600 конференций в России. По мнению ученых, РФФИ – основной независимый источник финансирования фундаментальных исследований и приобретения небольших партий научного оборудования. Однако скромный бюджет Фонда ограничивает возможности поддержки российской науки.

Российский гуманитарный научный фонд первоначально был отделением РФФИ, отвечающим за поддержку исследований в области социальных и гуманитарных наук. В 1994 г. он стал независимым. РГНФ действует на тех же принципах, что и РФФИ, но его доля в финансировании гражданских исследований составляет 1 %. За период 1994–2003 гг. Фонд поддержал более 15 000 проектов, включая 9000 исследовательских проектов, провел более 1000 конференций, предоставил более 1000 транспортных грантов, профинансировал около 500 выставок и полевых работ, более 700 телекоммуникационных проектов. При поддержке РГНФ было опубликовано 3000 монографий.

Фонд содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере создан в 1994 г., его бюджет составляет 1,5 % федеральных расходов на гражданские НИОКР. Фонд уделяет основное внимание поддержке уже вышедших на рынок малых инновационных фирм (фирм, которые разработали продукт и защитили права интеллектуальной собственности, приступили к коммерческому производству и нашли перспективных потребителей). Фонд впервые внедрил несколько новых инструментов и подходов к стимулированию инновационной активности. В 1996 г. Фонд начал пилотный проект по созданию нескольких новых структур, получивших название «инновационно-технологические центры» (ИТЦ). Фонд уже поддержал 26 ИТЦ в 11 российских регионах. К 2002 г. в этих центрах было расположено более 300 малых и средних фирм.

В 2003 г. Фонд начал программу «Старт» по поддержке исследователей, которые собираются коммерциализировать свои разработки. Моделью программы послужила американская программа SBIR. Фонд предоставляет исследовательским группам так называемые «посевные» деньги для создания малой инновационной фирмы по окончании первого года действия проекта. Данные о развитии программы «Старт» в последующие годы можно найти на сайте Фонда