Несмотря на многообразие форм государственных организаций и предприятий смешанных форм собственности, каждая из них независимо от организационной формы (государственное учреждение, фонд, унитарное предприятие и др.) неизбежно сталкивается с проблемами владения интеллектуальной собственностью и использования ее в силу неопределенностей в законодательстве. При этом вопросы, относящиеся к правам интеллектуальной собственности, определяются не столько формой организации, сколько источником финансирования и учредительным договором, подписанным учредившим его федеральным органом исполнительной власти. Очевидно, что условия этих договоров могут в существенной степени варьировать в зависимости от целей организации и функций учредителя, который может быть представлен, например, РАН, Министерством обороны, Федеральным агентством по науке и инновациям, Федеральным агентством по образованию, Федеральным агентством по промышленности и др.

Промышленный сектор НИОКР (к нему относятся институты предпринимательского и частично государственного сектора) в основном выполняет прикладные ИиР и испытания. В переходный период большинство предприятий перестали пользоваться услугами отраслевых научных институтов из‑за: а) отсутствия мер по охране интеллектуальной собственности; б) широко распространенного «пиратского» использования интеллектуальной продукции научных организаций частными предприятиями; в) отсутствия собственных средств у предприятий в результате гиперинфляции; г) того, что технологические разработки отраслевых организаций часто не выдерживали конкуренции с доступными на рынке иностранными аналогами. В результате в значительной мере разрушена система предложения и спроса на результаты отраслевых НИОКР.

В 1993 г. небольшая часть крупных промышленных исследовательских центров с уникальным оборудованием и инфраструктурой была вычленена из состава отраслевых исследовательских институтов и получила статус Государственных научных центров (ГНЦ). Этот статус позволил им получать дополнительные бюджетные средства по программе развития ГНЦ. Кроме того, ГНЦ также финансируются от своих министерств. В настоящее время действует 61 центр, многие занимают лидирующие позиции в приоритетных областях науки и техники (ядерная физика, энергетика, химия и новые материалы, авиа- и машиностроение, медицина, биология и биотехнология, информатика, оптика, электроника, роботостроение и т. д.).

По статусу большая часть ГНЦ – федеральные государственные предприятия, семь ГНЦ – государственные унитарные предприятия, два – акционерные компании. ГНЦ – крупные научно-технические комплексы со средним числом занятых 1173 человека в 2002 г. Персонал ГНЦ составляет лишь 12 % от всего персонала сферы НИОКР в предпринимательском секторе.

В настоящее время российский сектор высшего образования включает более 1000 высших учебных заведений (в 1990 г. их было только 700), из которых 655 – государственные.

В среднем 50–70 % бюджета университетов формируется за счет прямого финансирования из федерального бюджета или через головное министерство, 10–20 % – от других организаций, финансирующих НИОКР (в первую очередь государство финансирует фундаментальные исследования, а промышленность – прикладные), 5–10 % в форме грантов или покрытия издержек, 10–20 % за счет платы за обучение и другие образовательные услуги. Конкретные пропорции финансирования зависят от университета, но, как правило, доля прямого государственного финансирования не снижается ниже 40 %. Эти средства направляются на ремонт зданий, обновление оборудования, библиотечных фондов. Доходы из других источников идут на повышение заработной платы, покупку компьютеров, программного обеспечения и т. д.