Несмотря на такую непоследовательность, в имперской политике по отношению к меньшинствам прослеживаются некоторые более широкие тенденции и этапы. Указ Екатерины II «О терпимости всех вероисповеданий» (1773) и реформы, проведенные ею в 1780‐х годах, несомненно, стали переломным моментом. До этого периоды относительной терпимости чередовались с волнами давления и преследований, но в целом религиозному разнообразию не уделялось особого внимания156. Екатерина преимущественно заменила насильственные меры политикой убеждения. При ней ислам получил официальный правовой статус, а мусульманам и некоторым другим религиозным общинам было разрешено строить свои собственные культовые сооружения. Более того, пассивная терпимость к меньшинствам быстро трансформировалась в их активную интеграцию. У мусульман появилось собственное духовенство, причем наиболее высокопоставленные его представители получали жалованье от российского правительства157. Также были учреждены органы конфессионального управления, ответственные за назначение духовного руководства, управление культовыми сооружениями и решение вопросов семейного и наследственного права. Хотя эта ассимиляция и институционализация религий, отличных от русского православия, была вдохновлена идеями Просвещения о толерантности, она также была глубоко прагматичной. Как объясняет Пол Верт, включение неправославных конфессий в многоконфессиональное устройство империи позволило сделать их более управляемыми и при этом оставить их дискурсивно «чужими»158. В конечном счете политика Екатерины была направлена на то, чтобы убедить религиозные меньшинства, в частности мусульман, добровольно принять российское господство.

Однако политика Екатерины в отношении внутренних «других» оставалась избирательной. Не все меньшинства в равной степени выигрывали от поощрения конфессионального разнообразия, а некоторые и вовсе не получали от этого никакой выгоды. Всеобщая свобода вероисповедания не была гарантирована, и различные религиозные общины, особенно анимисты и те, кого считали еретиками и сектантами (включая членов Униатской церкви в западных губерниях), продолжали подвергаться преследованиям или сталкиваться с серьезными ограничениями. Более того, институционализация конфессионального разнообразия была уравновешена противоположной тенденцией – проведением политики, направленной на унификацию российского государства. Поскольку Екатерина отвергала любые посягательства на свой суверенитет, она упразднила автономные украинские и казацкие образования (Гетманщину и Запорожскую Сечь в 1764 и 1775 годах соответственно) и отменила особые права, которыми обладали балтийские немцы (1775)159.

Тем не менее ее усилия по включению меньшинств существенно отличались от прежней политики. После ее правления общий принцип веротерпимости в основном сохранялся, однако усилился уровень государственного управления и контроля, а политика стала более систематической. При Николае I представители мусульманской, еврейской, католической и протестантской религиозных общин были обязаны регистрировать все рождения, браки и смерти. Имамы обязывались вести так называемые «метрические книги» в Поволжье с 1828 года и в Крыму с 1832 года160. В течение предыдущих ста лет подобный учет велся исключительно для православных, что фактически лишало религиозные меньшинства гражданского статуса. Введение метрических книг наделило эти меньшинства «правами состояния»: были официально признаны их сословные привилегии, семейные, имущественные и наследственные права, им было разрешено поступать на государственную службу и в учебные заведения, за некоторым исключением