У нового равенства были свои пределы. Империя продолжала восприниматься и управляться не столько как система прав и привилегий, сколько как совокупность социальных барьеров129. Крестьяне и некоторые меньшинства по-прежнему подвергались серьезным ограничениям. Часто подобные ограничения не были прописаны в общих законах, а указывались в примечаниях. Сосуществовали различные типы ограничений: одни относились ко всему нерусскому населению, другие – к нехристианам, третьи – к некоторым национальностям. Евреи часто исключались из общих правил: хотя почти каждый закон о подданстве, месте проживания и многих сферах гражданского права был написан в универсалистском ключе, за ним обычно следовало примечание, в котором оговаривались отдельные нормы для еврейского населения130. Аналогичным образом крестьяне оставались в своего рода обособленном сегменте общества: так как многие из них после раскрепощения продолжали быть финансово и юридически привязанными к крестьянским общинам, они еще не могли действовать как независимые субъекты гражданского права; кроме того, они должны были использовать свои собственные социальные, экономические и судебные институты для урегулирования мелких правонарушений и незначительных гражданских споров131.

Хотя подданство все больше понималось в секулярных терминах, религия оставалась ключевым фактором управления. Имперское общество было действительно «сгруппировано по конфессиональному признаку»132. Власти продолжали использовать вероисповедание как один из организационных критериев. Ни один подданный императора не имел права не исповедовать какую-либо религию. Поскольку государство понимало религию прежде всего с точки зрения практики, оно могло приписать кому-либо определенную веру, а затем поручить полиции следить за выполнением соответствующих религиозных предписаний. Фактические убеждения людей были гораздо менее важны, чем их официальный религиозный статус133. Хотя власти особо следили за прихожанами Русской православной церкви (особенно новообращенными), надзор осуществлялся и за религиозной практикой в других общинах134. Во многих случаях государство привлекало и использовало существующие институты этих общин, включая школы, и священнослужителей для продвижения образования, насаждения определенного порядка и ведения учета рождений, браков и смертей135. Поскольку ключевые практики гражданского права (присяги, браки и т. д.) оставались разными для каждой из конфессий, религиозные различия продолжали определять повседневную жизнь вплоть до конца существования империи136.

Российские правители и имперская элита также публично демонстрировали важность религии. Несмотря на то что они продолжали гордиться культурным разнообразием империи и ее многонациональным дворянством, они, как правило, опирались на образы и символику Русской православной церкви. Православная церковь зависела от государства, не в последнюю очередь потому, что нуждалась в помощи государственной администрации и полиции для реализации религиозных доктрин и политики. Однако, поскольку государство использовало церкви и приходское духовенство для поддержания контактов с населением, оглашения указов и разъяснения своей политики, эта зависимость и выгода были взаимными137. Таким образом, церковь использовалась как инструмент проведения государственной политики138. Такую же функцию в определенной степени выполняли и спонсируемые государством мусульманские религиозные учреждения139.

Со временем, однако, произошли определенные изменения. При Петре I моральный авторитет и общественная значимость церкви снизились. Среди правящей элиты утвердился сугубо прагматичный взгляд на церковь как на поставщика образования и общественных благ