Понуждаемый событиями продолжать войну с Англией и вооруженный средствами всего континента, Наполеон задумал использовать их с присущей ему энергией и искусством. Еще до исхода Копенгагенской экспедиции, только узнав, что она направляется к Балтике, он отправил в Булонь адмирала Декре, чтобы тот осмотрел флотилию и выяснил, сможет ли она принять на борт армию, которую он хотел привести из Германии после уплаты Пруссией контрибуций. Декре спешно посетил Булонь, Вимрё, Амблетез, Кале, Дюнкерк и Антверпен и нашел флотилию в состоянии, увы, непригодном для погрузки многочисленной армии. Вырытый в Булони круговой порт занесло песком на два фута, порты Вимрё и Амблетеза – на три; через несколько лет эти творения гения Наполеона и упорства французских солдат могли полностью исчезнуть. Б\льшая часть судов, строившихся в спешке из сырого дерева, нуждалась в серьезном ремонте. Лишь около 300 судов из 1200–1300 были пригодны к службе, а 900 транспортных судов почти полностью вышли из строя вследствие четырехлетнего пребывания на якорной стоянке.

Голландская флотилия, частью отосланная восвояси, частью оставшаяся в Булони, пострадала меньше; но моряки были истомлены праздностью и сожалениями о более полезном применении их сил и доблести. Поэтому тотчас спустить флотилию на воду, погрузив на нее, как в 1804 году, 150 тысяч человек, было невозможно. Но через два месяца, вложив 5–6 миллионов, уничтожив пятую часть судов и отремонтировав остальные, можно было погрузить на французскую и голландскую флотилии 90 тысяч человек и 3–4 тысячи лошадей. Когда по завершении инспекции Декре вернулся в Париж, Наполеон согласился с ним в том, что экспедицию лучше разделить. Было решено отослать домой голландских моряков с их частью снаряжения, сохранить наилучшие военные суда, уничтожить остальные и отремонтировать оставшиеся, приспособив их к погрузке 60 тысяч человек. Затем предполагалось погрузить вернувшихся домой голландских матросов на флот Текселя, а французских моряков, бесполезных для флотилии, – на борт эскадры Флиссингена, обеспечив себе таким образом содействие эскадр Текселя и Флиссингена, способных перебросить 30 тысяч человек из устья Мааса к устью Темзы. Кроме того, отдельные экспедиции могли быть отправлены из Бреста и других пунктов побережья. После отдачи соответствующих распоряжений флотилия Булони, сделавшаяся более управляемой, в сочетании с эскадрами Тексе-ля, Флиссингена, Бреста, Лорьяна, Рошфора, Кадиса, Тулона, Генуи и Таранто, заняла свое место в задуманной Наполеоном обширной системе лагерей, расположенных при крупных флотских соединениях, непрестанно грозивших Великобритании и ее колониям мощной экспедицией.

Затем Наполеон отдал приказы об экспедиции на Сицилию и полном обеспечении всем необходимым Ионических островов. Своему брату Жозефу Наполеон предписал отобрать у англичан Шилу и Реджо, оставшиеся за ними после экспедиции Сент-Эфеми, и сосредоточить часть полков Неаполитанской армии вокруг Байи и Реджо, подготовив их к погрузке. Он приказал непрестанно отправлять Жозефу и принцу Евгению продовольствие, боеприпасы и новобранцев на Корфу, Кефалонию и Закинф. Наконец, дивизиям Рошфора и Кадиса Наполеон повторил приказ выйти в море и прибыть в Тулон. В Тулон же он отправил адмирала Гантома для командования флотом, которому назначалось контролировать воды Средиземного моря, завершить покорение королевства Неаполя путем захвата Сицилии и упрочить французское владычество на Ионических островах.

Занимаясь морскими позициями в Италии, Наполеон вновь поторопил Португальскую экспедицию. Номинальная численность солдат из лагерей Сен-Ло, Понтиви и Наполеона, объединенных в Байонне под командованием генерала Жюно, составляла 26 тысяч человек, действительная численность – 23 тысячи, в том числе 2 тысячи конников и 36 орудий. На соединение с ними уже выдвигалось подкрепление в 3–4 тысячи человек. Двенадцатого октября, на следующий день после подписания конвенции с Австрией, Наполеон приказал генералу Жюно перейти границу Испании, удовольствовавшись простым уведомлением Мадрида о прохождении французских войск. Он предписал ему следовать через Бургос, Вальядолид, Саламанку, Сьюдад-Родриго, Алькантару и далее – правым берегом Тахо до Лиссабона, наказав двигаться как можно быстрее. Испания обещала присоединить к французским войскам свои собственные – для содействия экспедиции и для участия в разделе добычи. Однако, не полагаясь ни на Испанию, ни на ее войска, Наполеон подготовил вторую армию на случай, если Португалия окажет некоторое сопротивление, или, что было более вероятно, если Англия пришлет к устью Тахо силы, вернувшиеся из Копенгагенской экспедиции. В каждом из пяти резервных легионов, сменивших охранявшие побережье лагеря, уже были снаряжены по два-три батальона. Наполеон приказал собрать их в Байонне, сформировать из них три дивизии и доукомплектовать двумя батальонами Парижской гвардии, четырьмя швейцарскими батальонами из Ренна, Булони и Марселя, третьим батальоном 5-го легкого из Шербура и первым батальоном 47-го линейного из Гренобля. Всем этим частям предстояло оставить расположения и к концу ноября прибыть, в сопровождении 40 орудий и нескольких сотен конников, в Байонну, где из них формировался корпус в 23–24 тысячи человек. Командование корпусом Наполеон поручил генералу Дюпону, одному из выдающихся дивизионных генералов того времени, которому назначалось вскоре сделаться маршалом.