К середине III тыс. до н.э. относятся первые свидетельства выращивания на побережье Перу и северного Чили тропических клубнеплодов – сладкого маниока, батата и некоторых других растений, в частности, арахиса. Родом эти виды из низменных областей к востоку от Анд, где их окультурили значительно раньше. Не позже III тыс. до н.э. в Андах появилась и кукуруза, но она не играла большого значения, а во многих районах оставалась вообще не известна. Лишь с появлением в I тыс. до н.э. новых высокоурожайных сортов кукуруза в питании местных индейцев заняла действительно важное место. Рыба как основа белкового питания и калорийные высокоурожайные клубнеплоды – именно это сочетание обеспечило первоначальный рост населения в долинах тихоокеанского побережья. Результатом этого роста стало образование крупных и хорошо организованных общин. Лишь подобные коллективы и могли возвести те необычные постройки, которые впервые появились в Андах более 5 тысяч лет назад.

Древнейший комплекс сооружений общественно-культового назначения, Сечин Бахо, обнаружен пока в долине Касма примерно в 300 км к северу от Лимы. Радиоуглеродные даты показывают, что он был построен еще во второй половине IV тыс. до н.э. Гораздо больше подобных центров найдено в расположенном ближе к Лиме районе Норте Чико. Их открытие в 1990-х годах стало сенсацией, поскольку некоторые из комплексов (наиболее известен Караль) имели подлинно монументальные размеры. Большинство памятников Норте Чико относятся ко времени между 2600 и 1800 до н.э., но некоторые, в частности Асперо, возникли раньше, может быть, даже в конце IV тыс. до н.э.

Эти искусственные платформы были давно замечены, но еще 20 лет назад мало кто предполагал, что они такие древние. Материальная культура строителей оставалась, однако, удивительно примитивной. Кроме обрывков циновок и несложных тканей, сосудов и поплавков из тыквы-горляки да рыболовных крючков, сделанных из обточенных раковин или колючек, в культурном слое мало что можно найти. По такому набору артефактов определить возраст памятников непросто. По сравнению с более ранними деревушками собирателей раковин и рыбаков поселения Норте Чико были достаточно велики, однако их размеры все же плохо соответствуют величине монументальных сооружений. Во многих случаях жилая застройка занимает меньшую площадь, чем общественно-культовые сооружения. Свидетельств социального расслоения в Норте Чико тоже нет. Не может быть никаких сомнений, что в общинах были лидеры, которые организовывали строительство храмов, но эти люди не считали возможным и нужным выставлять напоказ свое положение.

Где-то около 1800 до н.э. в Центральных Андах распространяется керамика. Появление сосудов из обожженной глины вряд ли внесло существенные изменения в повседневную жизнь людей. Однако керамика вскоре стала излюбленным материалом для изготовления сосудов с культовыми изображениями, которые использовали в ритуалах и клали в могилы знати. Эту свою роль керамика в культуре Перу и Боливии сохранила и дальше, хотя с конца I тыс. до н.э. сосуды из золота и серебра несколько оттесняют керамику на второй план. Одновременно с появлением керамики на побережье Перу начинают строиться не просто большие, но гигантские платформы из щебня и глины, которые принадлежат к числу самых массивных и высоких искусственных сооружений, когда-либо возведенных в доиспанской Южной Америке. Население тоже растет, хотя число обитателей каждого из оазисов не превышало нескольких тысяч человек.

В горах Перу по крайней мере с конца IV тыс. до н.э. выращивали не только фасоль, но и тыквы, киноа, картофель, перец и в некоторых случаях кукурузу. В совокупности эти растения содержат почти все необходимые организму вещества, но урожайность их в это время была еще низкой. Первые оседлые деревни появились где-то в конце III тыс. до н.э., а древнейшие сложенные из камней святилища – несколькими веками раньше. Свои потребности в животных белках обитатели горных районов северного Перу вплоть до середины I тыс. до н.э. продолжали удовлетворять в основном за счет охоты, хотя мясо прирученной морской свинки местами имело существенное значение. Домашние альпака и лама появились первоначально в более южных районах, в зоне пуны. Эти животные ценились в Перу прежде всего за то, что давали шерсть, а ламы могли использоваться для перевозки грузов. Пометом лам удобряли поля. Нормы потребления мяса домашнего скота были сравнительно низкими. Однако это потребление было хотя и не ежедневным, но регулярным: лам забивали и поедали во время праздничных жертвоприношений. Подобные ритуальные пиршества сопровождались употреблением алкоголя. Лучший, наиболее богатый питательными веществами и витаминами слабоалкогольный напиток получали из кукурузы. Вплоть до прихода испанцев, кукуруза ценилась прежде всего как сырье для изготовления такого напитка, чичи, и лишь во вторую очередь как продовольственная культура в узком значении.