[36] Это неудивительно, ибо, как указывает Карташев, к концу XV века в самой столице Литвы – Бильне половина населения «оставалась православной, а по расе и языку – русской».[37] Но отношения Литвы с Москвой все обостряются. «Особенно потряс атмосферу литовско-русской дружбы удар Ивана III в 1471 году по Новгороду за то, что тот для сохранения своей вольности сговорился и перешел в федерацию литовско-русского государства». Конфликт этот усиливается переходом на сторону Москвы стариннейших членов коалиции – князей Смоленского и Черниговского со своими землями.[38]И Литва, и Москва, по видимости, пытаются найти пути примирения и длительного мира, о чем свидетельствует брак великого князя Литовского Александра Казимировича с дочерью Московского великого князя Ивана III – Еленой, с венчанием в католическом костеле Св. Станислова «с редким в истории разделенных церквей сослужением двух иерархий». Однако и этот политический союз, притом что супруги «взаимно любили друг друга и жили мирно»,[39] к длительному миру не привел. Весь следующий XVI век Литовская Русь ведет войны с Московией: 1500–1503, 1507–1508, 1512–1522, 1534–1537. При этом она все еще сохраняет свою независимость и сопротивляется государственному, а не династическому лишь, слиянию с католической Польшей.

Эпоха Иоанна Грозного с долгой Ливонской войной и завоеванием части Ливонии в 1563 году становится временем окончательного выбора для Литвы, устрашенной политикой восточного соседа. Хотя тот же год знаменуется новым законодательством, которое уравнивает православных с католиками, это уже не может остановить слияния Литвы с Польшей. Даты событий говорят сами за себя. В 1564 году учреждается опричнина, и начинается террор против всех слоев населения Московского царства. Низлагают на разбойничьем соборе митрополита Филиппа последнюю моральную преграду на пути всенародного террора. «В 1569 году погрому подверглись все города между Москвой и Новгородом. Это было настоящее военное завоевание… собственной земли, не помышлявшей ни о восстании, ни о сопротивлении. Повод был дан доносом на новгородские власти, которые будто бы собирались передаться польскому королю», – писал Федотов.[40]В декабре того же года Малюта душит в заточении митрополита Филиппа и царь совершает свой погромный поход на Новгород, после которого великий город уже никогда не смог оправиться. И в том же году подписывается Люблинская уния между Литовской Русью и Польшей (при значительной оппозиции со стороны Литовского парламента). Литовская Русь продолжает быть прибежищем московитов, спасающихся от Ивановского террора: сюда бегут кн. Курбский, завоеватель Казани, игумен Артемий (Троицкой лавры), первопечатник Иван Федоров. Литва остается центром православной культурной работы. Здесь делается перевод Острожской Библии, переводятся творения греческих отцов. Но уже открывается и путь к окатоличению православных. Русское дворянство, переходя в католичество, получает все огромные права польской шляхты, выбирающей монарха и контролирующей государство. Его же одаривают и крепостными, отчего происходит быстрое закрепощение православного населения. Под мощным давлением католичества православный епископат идет на компромисс: церковь подчиняется Риму, но сохраняет свое православное богослужение и обычаи – женатое духовенство, благодаря своему образу жизни сохраняющее связь с остальной массой церковного народа – мирянами. Это – Брестская Уния 1596 года, которая официально перевела православное население под власть Папы, но с сохранением православного обряда.